GC rich的区域不易测序的原因

GC rich的区域不易测序的原因,主要发生于以下两个阶段:

1. PCR 阶段

由于GC rich的区域,其氢键数较多,稳定性较强,因此在PCR时,GC rich的区域较不易分开,因此不容易被扩增。

此外,即便GC rich的区域在PCR时被分开了,单股的GC rich区域亦容易因为氢键,而自行黏合形成二级结构,亦不易被扩增。

若采用PCR free的样本备制方式,则可能改善此PCR所造成的问题。

2. Fragmentation 阶段

在测序前需将DNA 打断成适当大小的片段才能上机测序,由于GC rich的区域不易被打断,使得存在GC rich区域的片段过大,不适合上机测序,而在长度筛选(size selection)时被舍弃。
目前,若要解决此问题,透过增加测序量,才能提高获取这些序列的机会。

 

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