当我们在进行 de novo 测序时，一般而言，测序深度越深 (测序量越多)组装效果会越好，就如同统计学中所述，抽样的样本数越多，其分布会越接近母体之分布。
不过，是不是只要一直增加测序量就能完整组出 de novo 的基因体序列呢? 目前来恐怕还是件很困难的事。主要的理由在于基因体中长片段重复序列造成组装上之问题，由于长片段重复序列被打断时会产生许多相似的序列，使得在组装过程中无法判断何种组装结果是正确的。
以下就以非常简化的例子来说明长片段重复序列组装上的问题。
假设一个read只包含两个base。
Genome与 reads 的信息如下:
进行 de novo 测序，即意味着该物种之基因体序列未知，在没有基因体序列数据时，单就read的序列进行组装，我们无法得知以下哪个结果才是真正的基因体序列?
GATC
GATATC
GATATATC
…
GATATATATATATATATATATC
针对长片段重复序列，目前尚未发现有比较好的解决方式，因此，在目前，若单纯地只增加测序量，而没有辅助一些其他的工具 (如: mate-pair 或 optical mapping)，要组出完整的全基因体序列，还是非常困难的。