三维基因组技术(四):Compartment 分析流程

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以下内容均来自我在菲沙基因(Frasergen)暑期生信培训班上记录的课堂笔记

1.Compartment计算

三维基因组技术(四):Compartment 分析流程

2.Compartment 分析流程

  • 2.1 Cworld-dekker软件的安装
  • git clone https://github.com/blajoie/cworld-dekker.git
    #Change directory to the `cworld-dekker` and install the `Perl` module:
    perl Build.PL
    ./Build
    ./Build install --install_base /your/custom/dir
    (ensure /your/custom/dir is added to your PERL5LIB path)
    
    #e.g.
    ./Build install --install_base ~/perl5
    # then in .bashrc
    export PERL5LIB=${PERL5LIB}:/home/<yourusername>/perl5/lib/perl5

    2.2 分析所用数据

互作图谱分染色体matrix数据,如何获得请看:三维基因组技术(三):Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用

三维基因组技术(四):Compartment 分析流程
matrix数据
  • 2.3 为矩阵添加header

header文件需要自己准备,操作采用cworld的addMatrixHeaders为矩阵文件添加header

perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/addMatrixHeaders.pl \
-i data/example.matrix \
--xhf data/headerxchr1 \
--yhf data/headerychr1

-I:添加cworld的库,连接到cworld软件所在目录即可
-i:matrix 文件
--xhf:横坐标表头
--yhf:纵坐标表头

自制Header文件,横纵坐标可以相同,形如:

三维基因组技术(四):Compartment 分析流程

结果文件

三维基因组技术(四):Compartment 分析流程
  • 2.4 扣除背景/计算z-scale

操作采用cworld的matrix2loess.pl

#export PATH=/software/R/R-3.5.0/bin/:$PATH
#export PATH=/software/bedtools/bedtools2-2.28.0/bin/:$PATH
perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/matrix2loess.pl \
-i example.addedHeaders.matrix.gz

结果文件以zScore.matrix.gz结尾

三维基因组技术(四):Compartment 分析流程
  • 2.5 转换相关矩阵与PCA分析同时进行

采用cworld的matrix2EigenVectors.py,需要给一个example_gene.bed文件

三维基因组技术(四):Compartment 分析流程
example_gene.bed

python software/cworld-dekker/scripts/python/matrix2EigenVectors.py \
-i example.addedHeaders.zScore.matrix.gz \
-r data/example_gene.bed

结果文件以compartments结尾

三维基因组技术(四):Compartment 分析流程
compartments

另外生成的图片以compartments.png结尾

定义基因密度较高的区域为compartmentsA,反之为compartmentsB

 

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