三维基因组技术(五):TAD 分析流程

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以下内容均来自我在菲沙基因(Frasergen)暑期生信培训班上记录的课堂笔记

1.TAD

三维基因组技术(五):TAD 分析流程
三维基因组技术(五):TAD 分析流程

2.TAD分析流程

  • 2.1 Cworld-dekker软件的安装
  • git clone https://github.com/blajoie/cworld-dekker.git
    #Change directory to the `cworld-dekker` and install the `Perl` module:
    perl Build.PL
    ./Build
    ./Build install --install_base /your/custom/dir
    (ensure /your/custom/dir is added to your PERL5LIB path)
    
    #e.g.
    ./Build install --install_base ~/perl5
    # then in .bashrc
    export PERL5LIB=${PERL5LIB}:/home/<yourusername>/perl5/lib/perl5

    2.2 分析所用数据

互作图谱分染色体matrix数据(单染色的矩阵),如何获得请看:三维基因组技术(三):Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用

三维基因组技术(五):TAD 分析流程
matrix数据
  • 2.3 为矩阵添加header

header文件需要自己准备,操作采用cworld的addMatrixHeaders为矩阵文件添加header

perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/addMatrixHeaders.pl \
-i data/example.matrix \
--xhf data/headerxchr2 \
--yhf data/headerychr2

-I:添加cworld的库,连接到cworld软件所在目录即可
-i:matrix 文件
--xhf:横坐标表头
--yhf:纵坐标表头
自制Header文件,横纵坐标可以相同,和上一次的不同就是,分辨率更小了(10kb),形如:

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  • 2.4 TAD边界鉴定

#export PATH=/local_data1/train/software/R/R-3.5.0/bin/:$PATH
#export PATH=/local_data1/train/software/bedtools/bedtools2-2.28.0/bin/:$PATH
perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/matrix2insulation.pl \
--is 100000 --ids 40000 \
-i example.addedHeaders.matrix.gz

-I:cworld-dekker的库
--is:方框的大小,最好是矩阵分辨率的整倍数(如50kb),好计算

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--ids:window size of insulationd delta,矩阵分辨率的整倍数(如20kb),好计算

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-i:input matrix file,必须是单染色的矩阵,防止划框移动到其他染色体上

  • 结果文件以boundaries结尾
    三维基因组技术(五):TAD 分析流程
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  • 2.5 结果整理
perl boundaries2bed.pl \
example.addedHeaders--is100000--nt0--ids40000--ss0--immean.insulation.boundaries \
17718942 chr6 > example.tad.bed
三维基因组技术(五):TAD 分析流程
TAD的范围
三维基因组技术(五):TAD 分析流程
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