下载软件 http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ 我们这里就在window平台下使用，所以直接下载zip包即可，解压即可使用 准备数据 我这...
Figtree可视化进化树文件
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进化树上Bootstrap和Identity区别
Bootstrap，即自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。简单地讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上一分，如...
利用phylip构建进化树详解
构建进化树可以用DNA序列，也可以用protein序列。本文就如何利用蛋白序列进行进化树的构建步骤进行详细解析： 一、利用phylip进行蛋白序列进化树分析步骤 1. 运行Clustalw，得到pro...
连锁不平衡的计算方法
连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD）是指在某一个群体中，不同座位上两个基因同时遗传的频率明显高于预期的随机频率现象。 我们一般用D，D'和r2来表示LD的程度。 D是LD的...
对于bootstrap的一些粗浅认识
什么是bootstrap？ bootstrap就是从一个原始样本中进行有放回的重复采样，采样大小和原始样本大小相同，采样次数根据计算量而定。从每个重新样的样本中可以计算某个统计量的bootstrap ...
Muscle进行多序列比对
软件的主页是 http://www.drive5.com/muscle/ 进入主页，简单看看软件介绍，这个软件还是蛮牛的，一个人在家里自己写出来的，当然，对于普通人来说，这个软件跟clustalW没什...
PAML中文手册
1 综述 PAML（将最大似然法用于系统发育分析）是一个用最大似然法来对DNA和蛋白质序列进行系统发育分析的软件包。 PAML 文档 除了这个手册，请注意以下资源： PAML站点：http://aba...
PAML使用 – codeml的配置文件
seqfile = seqfile.phy * sequence data filename treefile = tree.tre * tree structure file name outfil...
分子进化树构建及数据分析
一、方法的选择 首先是方法的选择。基于距离的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolution，最小进化法）和NJ（Neighbor-Joining，邻接法）等。其他的几种方法包括MP（Max...
MEGA软件——系统发育树构建方法（图文讲解）
一、序列文本的准备 构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中（或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行 编辑基因序列），序列只包含序列字母...