Evolution进化理论及其发展 1、拉马克与进化论 "Do we not therefore perceive that by the action of the laws of organization . . . nature ... 05月19日3,4421 达尔文 进化 阅读全文
Evolution如何在分子水平检测正选择 以下是杨子恒写于2000年的综述,转摘自集百家(http://www.dxyer.cn/tzeng/)。文中标{}的是原文中的英文词。恐翻译有差故而注出;标[]的是原文中参考文献的标号;标<&g... 05月19日4,145评论evolution 进化 阅读全文
Evolution估计进化速率 估计进化速率的几种软件: 1 Beast 它使用MCMC的方法进行进化树的构建和一系列参数的估计,而且给出可信度区间。 它的结果比较准确,但是要得到最终的好的结果需要大量的尝试,修改各种参数使得结果最... 03月28日3,499评论进化速率 阅读全文
EvolutionDNA分子进化及其理论基础 从19世纪60年代起,许多生物学家便开始着手重建地球上所有生命的进化历史,并以系统树的形式描述这部历史。传统上,构建系统树是利用化石证据,通过严密的推理或计算,来表示不同物种间遗传距离及进化顺序。但是... 12月18日5,524评论evolution 进化 阅读全文
Evolutionphylip安装与使用方法介绍 之前介绍了用RAxML构建极大似然进化树的方法。本文另外介绍一款很经典的构建进化树的软件--- Phylip。 以下是官方介绍: PHYLIP is a free package of program... 12月16日15,477评论phylip 进化树 阅读全文
Evolution用RAxML构建极大似然进化树 张金龙 中国科学院植物研究所,jinlongzhang01@gmail.com RAxML 是用极大似然法建立进化树的软件之一,可以处理超大规模的序列数据,包括 上千至上万个物种,几百至... 12月15日28,0994bootstrap 进化树 阅读全文
Evolution分子进化树构建及数据分析方法介绍 方法的选择 首先是方法的选择。 基于距离的方法有UPGMA、ME(Minimum Evolution,最小进化法)和NJ(Neighbor-Joining,邻接法)等。其他的几种方法包括MP(Maxi... 12月14日14,3471 进化 进化树 阅读全文
EvolutionKa/Ks与进化选择压力 在遗传学中,Ka/Ks或者dN/dS表示的是异意替换(Ka)和同意替换(Ks)之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。 不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变,反之则... 11月25日19,365评论evolution kaks 阅读全文
Evolution使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树 BioEdit是一个功能很强大的生物学软件,整合了很多常用的生物信息工具。如:多序列比对,质粒图谱的绘制,查看DNA序列的酶切位点等等。 使用BioEdit可以方便的生成和绘制进化树。 首先,打开序列... 06月11日13,6792BioEdit 进化树 阅读全文