估计进化速率 Evolution

估计进化速率

估计进化速率的几种软件: 1 Beast 它使用MCMC的方法进行进化树的构建和一系列参数的估计,而且给出可信度区间。 它的结果比较准确,但是要得到最终的好的结果需要大量的尝试,修改各种参数使得结果最...
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DNA分子进化及其理论基础 Evolution

DNA分子进化及其理论基础

从19世纪60年代起,许多生物学家便开始着手重建地球上所有生命的进化历史,并以系统树的形式描述这部历史。传统上,构建系统树是利用化石证据,通过严密的推理或计算,来表示不同物种间遗传距离及进化顺序。但是...
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用RAxML构建极大似然进化树 Evolution

用RAxML构建极大似然进化树

张金龙 中国科学院植物研究所,jinlongzhang01@gmail.com   RAxML 是用极大似然法建立进化树的软件之一,可以处理超大规模的序列数据,包括 上千至上万个物种,几百至...
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Ka/Ks与进化选择压力 Evolution

Ka/Ks与进化选择压力

在遗传学中,Ka/Ks或者dN/dS表示的是异意替换(Ka)和同意替换(Ks)之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。 不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变,反之则...
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使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树 Evolution

使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树

BioEdit是一个功能很强大的生物学软件,整合了很多常用的生物信息工具。如:多序列比对,质粒图谱的绘制,查看DNA序列的酶切位点等等。 使用BioEdit可以方便的生成和绘制进化树。 首先,打开序列...
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