1、拉马克与进化论 "Do we not therefore perceive that by the action of the laws of organization . . . nature ...
进化理论及其发展
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如何在分子水平检测正选择
以下是杨子恒写于2000年的综述，转摘自集百家（http://www.dxyer.cn/tzeng/）。文中标{}的是原文中的英文词。恐翻译有差故而注出；标[]的是原文中参考文献的标号；标<&g...
估计进化速率
估计进化速率的几种软件： 1 Beast 它使用MCMC的方法进行进化树的构建和一系列参数的估计，而且给出可信度区间。 它的结果比较准确，但是要得到最终的好的结果需要大量的尝试，修改各种参数使得结果最...
分子进化中clustalX与Mega的使用
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DNA分子进化及其理论基础
从19世纪60年代起，许多生物学家便开始着手重建地球上所有生命的进化历史，并以系统树的形式描述这部历史。传统上，构建系统树是利用化石证据，通过严密的推理或计算，来表示不同物种间遗传距离及进化顺序。但是...
phylip安装与使用方法介绍
之前介绍了用RAxML构建极大似然进化树的方法。本文另外介绍一款很经典的构建进化树的软件--- Phylip。 以下是官方介绍： PHYLIP is a free package of program...
用RAxML构建极大似然进化树
张金龙 中国科学院植物研究所，jinlongzhang01@gmail.com RAxML 是用极大似然法建立进化树的软件之一，可以处理超大规模的序列数据，包括 上千至上万个物种，几百至...
分子进化树构建及数据分析方法介绍
方法的选择 首先是方法的选择。 基于距离的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolution，最小进化法）和NJ（Neighbor-Joining，邻接法）等。其他的几种方法包括MP（Maxi...
Ka/Ks与进化选择压力
在遗传学中，Ka/Ks或者dN/dS表示的是异意替换（Ka）和同意替换（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。 不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变，反之则...
使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树
BioEdit是一个功能很强大的生物学软件，整合了很多常用的生物信息工具。如：多序列比对，质粒图谱的绘制，查看DNA序列的酶切位点等等。 使用BioEdit可以方便的生成和绘制进化树。 首先，打开序列...