Evolution群体分化指数-Fst 简单介绍F-statistics 和 Fst 1. 概念 在群体遗传学中,F-statistics(Fixation indices)是衡量种群中基因型实际频率是否偏离遗传平衡(哈温平衡)理论比例的指... 12月05日5,060评论Fst 群体分化 阅读全文
Evolution群体固定系数Fst Fst,用于衡量种群分化程度,取值从0到1,为0则认为两个种群间是随机交配的,基因型完全相似;为1则表示是完全隔离的,完全不相似。它往往从基因的多样性来估计,比如SNP或者microsatellite... 12月05日2,413评论Fst 群体固定系数 阅读全文
Evolution群体遗传分化 1. 群体遗传分化的度量 (1)F-统计量 现实植物自然群体并非是理想群体,如果仅考虑单基因座上一对等位基因,对于由若干个地方群体组成的生物大群体,各层次现实群体中基因型频率期望值偏差一般用Fis、F... 12月05日3,470评论Fst 群体遗传 阅读全文
Evolution使用PAML软件利用密码子序列进行正选择分析 PAML软件中的codeml命令可以使用Maxmum Likelihood方法对密码子或氨基酸的多序列比对结果进行分析和进化参数计算 。这两种数据共用一个命令,程序运行时的参数绝大部分是公用的,但仍需... 11月12日3,976评论PAML 密码子 阅读全文
Evolution群体遗传学—admixture软件快速群体分群 群体遗传学中测的很多个个体,得到了最终的SNP vcf文件,需要将其分成群体,看那几个物种聚在一起,一般使用的软件就是STRUCTURE,但是STREUTURE运行速度极慢,后面frappe软件提升了... 07月05日2,774评论admixture 群体遗传 阅读全文
Evolution利用Evolview美化进化树教程和使用方法 前面给大家推荐过Evolview,推荐一款强大的进化树编辑软件,今天给大家详细介绍如何使用这个在线工具,教你如何绘制高颜值的进化树。 1.Evolview简介 Evolview可在线进行系统进化分析,... 03月10日46,7661 EvolView 进化树 阅读全文
Evolution让基因筛选变得更简单:群体进化选择消除分析 游戏“天天爱消除”曾经风靡一时,想必大家一定都玩过。其实在重测序分析中也有一个分析“爱消除”,那就是选择消除分析。群体进化选择消除分析:简单的说就是基因组某区域由于受到了选择而消除多态性。选择消除分析... 12月05日6,761评论Fst 群体分化 阅读全文
Evolution使用 PhyML 构建进化树 1. PhyML 简介 使用 PhyML 构建最大似然树。 参考文献:New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phyloge... 08月14日14,094评论PhyML 进化树 阅读全文
Evolution图解核苷酸替代模型的选择 – MrMTgui 篇 【絮语】 在进行系统发育分析过程中,建树序列的进化模型选择是至关重要的一步,尤其对进化模型敏感的ML法和BI法,更是重中之重。对于一些新手而言,经常使用默认参数而忽略了这一关键步骤,从而导致建树结果的... 07月10日6,862评论核苷酸替代模型 阅读全文
Evolution用phyML对多重比对phy文件来构建进化树 本来还没这么快写进化专题的,但是有个朋友要我帮忙跑一下她的phy文件,看看能否生成树,我就试用了一下phyml这个软件,挺简单的。 一、下载并安装该软件 这是一个很简单的软件,我们直接下载它的二进制程... 05月14日7,720评论PhyML 进化树 阅读全文