利用Evolview美化进化树教程和使用方法

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所属分类:Evolution

前面给大家推荐过Evolview,推荐一款强大的进化树编辑软件,今天给大家详细介绍如何使用这个在线工具,教你如何绘制高颜值的进化树。

1.Evolview简介

Evolview可在线进行系统进化分析,简约而不简单。能够标注较复杂的注释信息,可导出多种格式的文件,包括pdf、svg、tiff、png,而且绘制完成的进化树可永久性的保存在网站里,也可进行共享。心动了吧,那快猛戳这里,http://www.evolgenius.info/evolview

根据小编的经验,建议各位使用 Google 浏览器,用其他浏览器导出的文件可能会不完整。

首先,我们要注册账号,见下图:

利用Evolview美化进化树教程和使用方法

2.输入文件准备

需导入Newick、NHX、PhyloXML和Nexux等格式的纯文本文件(plain text files),比如MEGA等软件输出的Newick文件,见下图:

利用Evolview美化进化树教程和使用方法

3.进入操作界面

工具栏包括基本设置、高级设置、添加注释信息和导出文件。网站首页有17个DEMOS和5个SHOWCASES供大家参考学习:

利用Evolview美化进化树教程和使用方法

(1)导入文件

利用Evolview美化进化树教程和使用方法

(2)设置分支颜色

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格式:location,color,commands,共三列,由制表符分隔。

location—一个叶节点,或者由逗号分隔的2个叶节点

color—颜色的名称

commands—控制命令(可不设)

示例:

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控制命令说明:

ad—应用到所有分支和叶节点

prefix—应用到以第一列字符起始的所有叶节点上

suffix—应用到以第一列字符结尾的所有叶节点上

anywhere—应用到包含第一列字符的所有叶节点上

toroot—应用到从叶节点到根节点的所有分支上

(3)设置标签及其背景颜色

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命令格式与设置分支颜色类似

(4)设置标签装饰

格式:location shape,color[:stroke_color]

至少有2列:由制表符分隔。可以设置多列,格式和作用与第2列相同,即一个标签可以设置多个装饰图形。

形状类型:triangle(三角形)、circle(圆形)、rect(矩形)、star(星形)、check(勾形)

location—一个叶节点的名称

shape,color[:stroke_color]—装饰形状(shape),填充色(color),边框色(stroke_color)。

注意:勾形只能为纯色。

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(5)设置分组标签

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格式要求:

设置语句含2列,以制表符分隔。

location—一个叶节点,或者由逗号分隔的2个叶节点

label—颜色的名称设置文字标签(text=label,必须)和格式参数(color可选)

2种格式参数设置方式:

全局参数—以“!groupLabel”起始,放在第一行,作用于所有语句

局部参数—放置在每条语句后,只作用于当前语句,且局部参数会覆盖全局参数。

格式参数列表

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示例:

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(6)设置Bootstrap值(注:进化树必须含有bootstrap值)


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格式要求:

设置语句含2列,以制表符分隔。

bootstrap值范围—一个值,或者由逗号或冒号分隔的2个值

bootstrap值的显示格式参数

2种格式参数设置方式:

全局参数—以“!bootstrapValueStyles”起始,放在第一行,作用于所有语句

局部参数—放置在每条语句后,只作用于当前语句,且局部参数会覆盖全局参数。

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(7)个性化设置

在图中添加柱状图、热图、点图、箱线图等。

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可点击进入帮助页面查看详情,见下图。

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最后,高颜值的图就诞生啦!

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