MEGA软件——系统发育树构建方法(图文讲解)

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所属分类:Evolution

一、序列文本的准备

构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中(或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行,然后重起一行 编辑基因序列),序列只包含序列字母(ATCG或氨基酸简写字母)。文件名名称可以已经您的想法随意编辑。

二、序列导入到Mega 5软件

(1)打开Mega 5软件,界面如下

(2)导入需要构建系统发育树的目的序列

OK

选择分析序列类型(如果是DNA序列,点击DNA,如果是蛋白序列,点击Protein)

出现新的对话框,创建新的数据文件

选择序列类型

导入序列

导入序列成功。

(3)序列比对分析

点击工具栏中“W”工具,进行比对分析,比对结束后删除两端不能够完全对齐碱基

(4)系统发育分析

关闭窗口,选择保存文件路径,自定义文件名称

三、系统发育树构建

根据不同分析目的,选择相应的分析算法,本例子以N—J算法为例

Bootstrap 选择1000,点击Compute,开始计算

计算完毕后,生成系统发育树。

根据不同目的,导出分析结果,进行简单的修饰,保存

本方法来自网络,经小编microibs编辑,修改补充,如果转载请注明PLoB出处。

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    • avatar zywang2010 0

      求MEGA5的中文使用说明

        • avatar microibs 2

          @zywang2010 不好意思,没有这个中文使用说明。再求高手吧

        • avatar 向日葵 0

          您好!能把这个发一份我邮箱吗?没下载下来,谢谢,谢谢。。

          • avatar yinjia 0

            这个文档非常不错

            • avatar anhuimaize 0

              不错,需要实战一下,熟悉熟悉