MEGA软件——系统发育树构建方法(图文讲解)

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一、序列文本的准备

构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中(或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行,然后重起一行 编辑基因序列),序列只包含序列字母(ATCG或氨基酸简写字母)。文件名名称可以已经您的想法随意编辑。

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二、序列导入到Mega 5软件

(1)打开Mega 5软件,界面如下

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(2)导入需要构建系统发育树的目的序列

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OK

选择分析序列类型(如果是DNA序列,点击DNA,如果是蛋白序列,点击Protein)

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出现新的对话框,创建新的数据文件

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选择序列类型

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导入序列

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导入序列成功。

(3)序列比对分析

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点击工具栏中“W”工具,进行比对分析,比对结束后删除两端不能够完全对齐碱基

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(4)系统发育分析

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关闭窗口,选择保存文件路径,自定义文件名称

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三、系统发育树构建

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根据不同分析目的,选择相应的分析算法,本例子以N—J算法为例

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Bootstrap 选择1000,点击Compute,开始计算

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计算完毕后,生成系统发育树。

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根据不同目的,导出分析结果,进行简单的修饰,保存

本方法来自网络,经小编microibs编辑,修改补充,如果转载请注明PLoB出处。

评论  5  访客  5
    • zywang2010 0

      求MEGA5的中文使用说明

        • microibs

          @ zywang2010 不好意思,没有这个中文使用说明。再求高手吧

        • 向日葵 0

          您好!能把这个发一份我邮箱吗?没下载下来,谢谢,谢谢。。

          • yinjia 0

            这个文档非常不错

            • anhuimaize 0

              不错,需要实战一下,熟悉熟悉

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            匿名网友