Script利用R语言heatmap.2函数进行聚类并画热图 数据聚类然后展示聚类热图是生物信息中组学数据分析的常用方法,在R语言中有很多函数可以实现,譬如heatmap,kmeans等,除此外还有一个用得比较多的就是heatmap.2。最近在网上看到一个笔记文... 08月27日44,5202heatmap 聚类 阅读全文
Reviews有效统计实践的十项简明原则 本文作者:Robert E. Kass; Brian S. Caffo; Marie Davidian; Xiao-Li Meng; Bin Yu; Nancy Reid 原文出处 Ten Simpl... 08月17日2,2721 统计 阅读全文
Single Cell单细胞测序方法比较 导读 在单细胞研究的大潮中,新的测序方法层出不穷。不过,很少有人对这些方法进行系统的比对。慕尼黑大学生物学家Wolfgang Enard最近领导团队,在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一些常用的单... 06月16日7,983评论单细胞测序 阅读全文
Transcriptomics详细讲解NA-Seq基因表达水平衡量方法:RPKM, FPKM and TPM 小编注:近年来RNA-Seq被广泛应用,衡量基因表达水平的方法也开始多样化,例如RPK, RPKM, FPKM, TPM等。那他们之间有什么样的区别、以及怎样换算呢。之前PLoB上分享了一篇关于这方面... 04月25日16,928评论FPKM rpkm 阅读全文
Bioinformatics使用和解释P值的“六原则” 2014年2月,美国曼荷莲学院(Mount Holyoke College)数学与统计学教授George Cobb在美国统计学会(American Statistical Associa... 03月26日9,4182 阅读全文
TranscriptomicsRNA-Seq基因表达水平衡量方法 小编注:近年来RNA-Seq被广泛应用,衡量基因表达水平的方法也开始多样化,例如RPK, RPKM, FPKM, TPM等。那他们之间有什么样的区别、以及怎样换算呢。最近看到一篇不错的博客,这里与大家... 02月12日12,9712 阅读全文
TranscriptomicsRNA-Seq中样品间的标准化 In RNA-Seq, 2 != 2: Between-sample normalization In this post I will discuss between-sample normaliz... 02月11日3,814评论 阅读全文
ScriptR绘图基础(7)综合应用 1、点阵图加两方向柱状图 > def.par <- par(no.readonly = TRUE) # save default, for resetting... > > x... 01月28日2,500评论R 绘图 阅读全文
Script怎样在heatmap中使用多种cluster方法 生物信息学中经常使用R 来画图,而R画heatmap的功能是非常强大的。通常,我的习惯是使用gplots包中的heatmap.2函数来进行画图。不过这个函数中不能对聚类分析(clustering)到方... 01月27日5,370评论heatmap 阅读全文
GenomicsANNOVAR 注释软件 ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件,可以对SNP和indel进行注释,也可以进行变异的过滤筛选。 ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。主要包含三种不... 01月16日10,140评论SNP VCF 阅读全文