数据聚类然后展示聚类热图是生物信息中组学数据分析的常用方法，在R语言中有很多函数可以实现，譬如heatmap,kmeans等，除此外还有一个用得比较多的就是heatmap.2。最近在网上看到一个笔记文...
利用R语言heatmap.2函数进行聚类并画热图
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有效统计实践的十项简明原则
本文作者：Robert E. Kass; Brian S. Caffo; Marie Davidian; Xiao-Li Meng; Bin Yu; Nancy Reid 原文出处 Ten Simpl...
单细胞测序方法比较
导读 在单细胞研究的大潮中，新的测序方法层出不穷。不过，很少有人对这些方法进行系统的比对。慕尼黑大学生物学家Wolfgang Enard最近领导团队，在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一些常用的单...
详细讲解NA-Seq基因表达水平衡量方法：RPKM, FPKM and TPM
小编注：近年来RNA-Seq被广泛应用，衡量基因表达水平的方法也开始多样化，例如RPK, RPKM, FPKM, TPM等。那他们之间有什么样的区别、以及怎样换算呢。之前PLoB上分享了一篇关于这方面...
使用和解释P值的“六原则”
2014年2月，美国曼荷莲学院（Mount Holyoke College）数学与统计学教授George Cobb在美国统计学会（American Statistical Associa...
RNA-Seq基因表达水平衡量方法
小编注：近年来RNA-Seq被广泛应用，衡量基因表达水平的方法也开始多样化，例如RPK, RPKM, FPKM, TPM等。那他们之间有什么样的区别、以及怎样换算呢。最近看到一篇不错的博客，这里与大家...
RNA-Seq中样品间的标准化
In RNA-Seq, 2 != 2: Between-sample normalization In this post I will discuss between-sample normaliz...
R绘图基础（7）综合应用
1、点阵图加两方向柱状图 > def.par <- par(no.readonly = TRUE) # save default, for resetting... > > x...
怎样在heatmap中使用多种cluster方法
生物信息学中经常使用R 来画图，而R画heatmap的功能是非常强大的。通常，我的习惯是使用gplots包中的heatmap.2函数来进行画图。不过这个函数中不能对聚类分析（clustering）到方...
ANNOVAR 注释软件
ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件，可以对SNP和indel进行注释，也可以进行变异的过滤筛选。 ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。主要包含三种不...