RNA-seq流程对基因和转录本的表达量的计算

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所属分类:Transcriptomics

bedtools multicov和htseq-count都可以用来对基因和转录本的表达量的计算!!!

我们总共有四个样本,已经比对到小鼠的mm9基因组上面了,数据大小如下

RNA-seq流程对基因和转录本的表达量的计算

然后对基因和转录本计数需要一些额外的信息,即各个基因及转录本的位置信息,gtf文件需要在UCSC等各大数据库下载

RNA-seq流程对基因和转录本的表达量的计算

然后我们制作一个config文件配置我们的数据地址

cat sample_bam.config #可以看到文件内容如下
/data/mouse/ptan/740WT1.bam
/data/mouse/ptan/741WT2.bam
/data/mouse/ptan/742KO1.bam
/data/mouse/ptan/743KO2.bam

几个批处理文件名及内容分别如下

bedtools_multicov.sh  bedtools_multicov_transcript.sh  htseq.sh  htseq_transcript.sh
 
while read id
do
echo $id
new=`echo $id |cut -d”/” -f 5`
echo $new
bedtools multicov -bams $id -bed /data/mouse/mouse_mm9_gene.bed  > $new.gene.bedtools_multicov.count
done <$1
 
while read id
do
echo $id
new=`echo $id |cut -d”/” -f 5`
echo $new
bedtools multicov -bams $id -bed /data/mouse/mouse_mm9_transcript.bed  > $new.transcript.bedtools_multicov.count
done <$1
 
while read id
do
echo $id
new=`echo $id |cut -d”/” -f 5`
htseq-count -f bam $id /data/mouse/Mus_musculus.NCBIM37.67.gtf.chr  > $new.gene.htseq.count
done <$1
 
while read id
do
echo $id
new=`echo $id |cut -d”/” -f 5`
htseq-count -f bam –idattr transcript_id $id /data/mouse/Mus_musculus.NCBIM37.67.gtf.chr  > $new.transcript.htseq.count
done <$1

 

批量运行这些程序后就能对它们分别分情况进行计数,也能比较这两种计数方法的区别!

RNA-seq流程对基因和转录本的表达量的计算

 

可以看出区别还是很大的!!!

RNA-seq流程对基因和转录本的表达量的计算

我肯定没搞懂它们的原理,这完全就不一样,已经不是区别的问题了!!!

对于每个个体输出的计数文件,接下来就可以用DESeq等包来进行差异基因分析啦!

原文来自:http://www.bio-info-trainee.com/755.html

ybzhao

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