基因通路富集分析方法大总结

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所属分类:Transcriptomics

基因通路富集分析 (gene set pathway enrichment analysis) 是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白。一般是高通量实验,如基因芯片,RNA-Seq,蛋白质组学(质谱结果)的后续步骤。常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析。通过基因通路富集分析,我们可以初步分析基因可能参与的生物学过程或者信号通路。下面将手把手为大家介绍常用的基因富集通路分析方法,总有一款适合你!

1.David

DAVID是最早也是目前最经典的做富集分析的数据库,它整合了大量生物学数据和分析工具,为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息。

基因通路富集分析步骤图解:

第一步:打开网址,点击Functional Annotation。

第二步:输入基因集,选择输入类型

第三步:选择物种,查看结果(包括GO和KEGG通路结果)

2.String

 

String数据库是瑞士苏黎世大学构建的一个搜寻蛋白质之间相互作用的数据库。既包括蛋白质之间的直接物理相互作用,也包括蛋白质之间的间接功能相关性。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。

基因通路富集分析步骤图解:

第一步:打开网站,输入基因列表和选择物种;

第二步:选择数据库内对应基因名称;

第三步:结果下载-包括Go和KEGG通路。(如有需要还可以下载蛋白连接的结果)

4.Kobas

Kobas是北京大学开发的用于注释和鉴定富集途径和疾病的数据库

 

基因通路富集分析步骤图解:

第一步:打开网站,选择Gene-list Enrichment

第二步:选择输入类型,物种,输入基因列表,选择数据库,后可分析下载数据。

5.Metascape

Metascape是近年来新兴的富集分析数据,数据不仅更新快,其覆盖面也相当广泛。从数据库种类来说,Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源,使其不仅能完成通路富集和生物过程注释,还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析,致力于为科研工作者提供每个基因全面而详细的信息。

基因通路富集分析步骤图解:

第一步:打开网站,输入基因,选择物种,开始分析。

第二步:结果下载-包括GO,KEGG分析结果;蛋白互作连接结果,并且都已经做好了图,非常美观。

5.Cytosacpe

Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件,Cytoscape还能够为网络添加丰富的注释信息,并且可以利用自身以及第三方开发的大量功能插件,针对网络问题进行深入分析。

 

基因通路富集分析步骤图解:

第一步:打开软件,选择Apps,点击App Manager

第二步:安装Apps。在搜索框输入clueGo

第三步:点击Apps的clueGo

第四步:输入基因,选择数据库开始分析。

第五步:将网络图结果和Excel结果导出。

6.R包(clusterProfiler)

R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。至于使用,需要代码,建议有兴趣的小伙伴可以找找网课学习一下。R语言做出来的结果还是很好看的。

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