1. FGAP简介 FGAP利用BLAST将contigs序列比对到基因组草图序列上，寻找重叠到gap区间的最优序列，从而进行补洞。其参考文献：Piro, Vitor C., et al. “FGAP...
Bioinformatics
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使用 GCE 进行基因组大小评估
1. GCE 简介 GCE(Genome Characteristics Estimation) 是华大基因用于基因组评估的软件，其参考文献为：Estimation of genomic charac...
Bioinformatics
通过WIG格式将转录组数据展示到Gbrowse2中
1. WIG格式介绍 WIG格式(Wiggle Track Format)，可用于将转录组数据进行可视化展示。bigWig格式则是WIG格式的二进制方式，可以使用wigToBigWig将WIG格式转换...
Bioinformatics
blast进行重复序列屏蔽
1. 构建数据库的时候屏蔽参考序列的重复 segmasker 屏蔽氨基酸的低复杂序列 dustmasker 屏蔽核算序列的低复杂序列 windowmasker 按照序列重复的次数来屏蔽 convert...
Script
ggplot2 – 二维数据密度图
地理课上，我们经常会看到等高线。在ggplot2中，也有实现一个和等高线差不多的利器 stat_density2d() 看个例子先 # The base plot p <- ggplot(fai...
Genomics
查找某个基因上面的snp位点
进入网页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/ 其实就是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp 这个网页 可以看到这个基因上面发表...
Transcriptomics
RNA-Seq分析新工具
利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法，在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是：做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算...
Bioinformatics
用GEOquery从GEO数据库下载数据
Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据，但是后来也加入了甲基化芯片，甚至高通量测序数据！ ...
Bioinformatics
HGNC数据库简介
人类基因命名委员会(HUGO Gene Nomenclature Committee);人类基因组命名委员会! 其实有了NCBI的entrez ID，然后还有refseq里面的ID，还有ensembl...
Bioinformatics
下载最新版GO
首先要明白，需要下载什么？ 要下载四万多条GO记录的详细信息（http://purl.obolibrary.org/obo/go/go-basic.obo） 要下载GO与GO之间的关系（http://...