RNA-seq软件更新

Tophat 首次被发表已经是6年前

Cufflinks也是五年前的事情了

Star的比对速度是tophat的50倍,hisat更是star的1.2倍。

stringTie的组装速度是cufflinks的25倍,但是内存消耗却不到其一半。

Ballgown在差异分析方面比cuffdiff更高的特异性及准确性,且时间消耗不到cuffdiff的千分之一

Bowtie2+eXpress做质量控制优于tophat2+cufflinks和bowtie2+RSEM

Sailfish更是跳过了比对的步骤,直接进行kmer计数来做QC,特异性及准确性都还行,但是速度提高了25倍

kallisto同样不需要比对,速度比sailfish还要提高5倍!!!

参考:

https://speakerdeck.com/stephenturner/rna-seq-qc-and-data-analysis-using-the-tuxedo-suite

RNA-Seq分析新工具

原文来自:http://www.bio-info-trainee.com/1022.html

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