直接iprscan是不行的，需要加个-cli才能正常运行，不然出现一大堆HTML的代码，这里的cli 是command-line interface 简写。 usage: ./iprscan -cli...

conda 是⼀个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。但是使用conda时经常会发现安装很慢，除了最基本的网络问题可以换成国内镜像来解决，c...

利用cell ranger分析scRNA-Seq数据后一般会得到这三个文件， barcodes.tsv.gz  # 每个barcode代表一个cell features.tsv.gz # 每个feat...

很多同学刚接触生物信息的时候，对linux的命令多少存在一些恐惧和障碍。不知道为什么要敲这一对命令，他们的参数是什么意思。这里跟大家分享一个有趣的linux命令学习网站。它能够帮助大家很好地去理解li...

最近有人问我关于ATAC-Seq与ChIP-Seq的区别。刚好在分析ATAC-Seq和DNase-Seq的数据，于是做了个简单介绍。在六六_ryx的博客里面看到下面的介绍，做了简单修改放在这里跟大家分...

寻找合适的学习率(learning rate) 学习率是一个非常非常重要的超参数，这个参数呢，面对不同规模、不同batch-size、不同优化方式、不同数据集，其最合适的值都是不确定的，我们无法光凭经...

对于从事生物信息的人来说Python是一个非常强大的数据处理和分析的语言。初步处理完数据后，对于数据可视化，不少同学选择用R来画图，譬如强大的ggplot2系列的包。PLoB也建立专栏索引列出了ggp...

一、引子————边界检测 我们来看一个最简单的例子：“边界检测（edge detection）”，假设我们有这样的一张图片，大小8×8： 图片中的数字代表该位置的像素值，我们知道，像素值越大，颜色越亮...

1 引言 特征提取和特征选择作为机器学习的重点内容，可以将原始数据转换为更能代表预测模型的潜在问题和特征的过程，可以通过挑选最相关的特征，提取特征和创造特征来实现。要想学习特征选择必然要了解什么是特征...

在做生物信息数据分析中，R的使用是非常普遍。利用R来做数据处理和画图几乎是家常便饭。这里跟大家分享各种R package使用手册的简要版手卡，其中包括ggplot画图、R中数据操作、机器学习等等。下面...