The Desktop cDNA Annotation System (dCAS) automates large-scale cDNA sequence analysis. dCAS allows ...
De Bruijn Graphs for Alternative Splicing and Repetitive Regions
Today we shall examine de Bruijn graphs for two structures that occur frequently in genomes or trans...
KS-检验(Kolmogorov-Smirnov test)
Kolmogorov-Smirnov是比较一个频率分布f(x)与理论分布g(x)或者两个观测值分布的检验方法。其原假设H0:两个数据分布一致或者数据符合理论分布。D=max| f(x)- g(x)|,...
Running newbler: more de novo assembly parameters
There is a long list of options/flags/parameters for a newbler assembly, some of which have been tre...
不同长度mate-pair在组装上之差异
有时候会遇到使用者询问,为什么做不同长度的mate-pair呢? 这是因为contig间的距离不同,为了将这些不同距离的contig 组装起来,得到更完整的组装信息,所以才需要使用不同长度的mate-...
Promoter预测的相关软件及各个软件比较
在过去几年各个实验室都开发了不同的Promoter prediction program(启动子预测软件),但每个promoter预测软件设计的立足点各有差异,如何选择一直以来是大家比较关注的问题。 ...
GenePattern:一个强大的基因组学分析平台
GenePattern是一个强大的基因组学分析平台,该平台整合了大量的基因表达分析、蛋白质组学分析、SNP分析、流式细胞分析、RNA-seq数据分析以及一些常规的生物信息学分析工具。 以下是官方介绍:...
WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis
WGCNA: 是一个基于R语言编写的综合性加权关联网络分析软件,可以用于基因的共表达网络分析。主要分析功能有: network construction, module detection gene ...
mGene: Accurate Computational Gene Finding
mgene 是一款基于机器学习的方法,从真核基因组序列中预测但白白编码基因的软件。 同时mgene.web是一款web服务程序。 mGene is a computationa...
interproscan安装及详细设置
详细的安装及配置步骤请参见iprscan的文档Installing_InterProScan.txt 1.在安装iprscan之前,你的linux系统需要如下基本组件: PERL,这个常见的linux...