PGAP（Pan-Genomes Analysis Pipeline） 是一款用于原核生物泛基因组学分析的自动化软件。它主要包括以下五大功能： 功能基因的聚类：根据序列相似性，将所有细菌中的功能基因按...
RNA-PET— 在基因组范围对5’和3’ 双末端标签的RNA-Seq进行全长转录本分析
RNA-PET是一种用第二代测序平台（Illumina GA和SOLiD）分析全长转录本的双末端标签（PET）测序的方法。和传统的随机剪断序列成短片段的RNA-Seq方法不同，RNA-PET捕获并测序...
GenomicTools:一个高通量分析基因组的扩展计算平台
GenomicTools是一个灵活的计算平台，主要用来分析和处理高通量测序数据，比如RNA-Seq 和 ChIP-Seq。GenomicTools可以完成在基因组区域集中各种数学运算，因此可以设计一个...
GenePattern:一个强大的基因组学分析平台
GenePattern是一个强大的基因组学分析平台，该平台整合了大量的基因表达分析、蛋白质组学分析、SNP分析、流式细胞分析、RNA-seq数据分析以及一些常规的生物信息学分析工具。 以下是官方介绍：...
RNA-SeQC:RNA-Seq数据质量控制的计量方法
RNA-SeQC是一个计算一系列对RNA-Seq数据进行质量控制的计量学的java程序。输入内容可以是一个或者多个BAM文件。输出文件是则包括计量数据的HTML报告和tab delimited文件。这...
基因芯片数据分析中的标准化算法和聚类算法
第一部分 基因芯片的数据标准化(Normalization) 对基因芯片数据的标准化处理，主要目的是消除由于实验技术所导致的表达量(Intensity) 的变化，并且使各个样本(sampl...
生物细胞非编码 RNA 的调控
Abstract: Epigenetics is the study of meiotically and mitotically heritable changes in gene express...
WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis
WGCNA: 是一个基于R语言编写的综合性加权关联网络分析软件，可以用于基因的共表达网络分析。主要分析功能有： network construction, module detection gene ...
mGene: Accurate Computational Gene Finding
mgene 是一款基于机器学习的方法，从真核基因组序列中预测但白白编码基因的软件。 同时mgene.web是一款web服务程序。 mGene is a computationa...
hmmer的安装与使用
从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度，但其应用还远没有blas...