GenomicTools:一个高通量分析基因组的扩展计算平台

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所属分类:Bioinformatics

GenomicTools是一个灵活的计算平台,主要用来分析和处理高通量测序数据,比如RNA-Seq 和 ChIP-Seq。GenomicTools可以完成在基因组区域集中各种数学运算,因此可以设计一个运算流程的模型,来处理后期分析的预处理和质量控制的一系列任务。更特别的是,使用者可以通过转录开始位置或者加强子位置,轻松地建立平均reads profile;快速对ChIP-Seq实验定制的发现方法构建原型;进行基因组范围的统计测试,比如富集度分析;通过合适的随机方案设计对比组,以及其他应用。

除了能快速构建原型,GenomicTools平台也可以用来分析单向形式的大的数据集,来最小化记忆和中间文件的要求。最后,GenomicTools平台支持广泛应用的BED格式,方便对已存在的平台和流程进行整合和可视化,比如 Galaxy 或者BioCinductor。

GenimicTools 平台(2.0.0版)是用C++来完成的。源码,文件,使用手册,数据集案例和脚本可以在以下链接找到:http://code.google.com/p/ibm-cbc-genomic-tools/

相关论文:

Tsirigos A, Haiminen N, Bilal E, Utro F. (2011) GenomicTools: a computational platform for developing high-throughput analytics in genomics. Bioinformatics [Epub ahead of print].

资料来源:转录组博客(http://www.ablifehome.com/blog/)

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