iAssembler利用MIRA以及CAP3软件，将454以及sanger测序产生的转录组数据(EST)拼接成基因组。 官方介绍： iAssembler is a standalone package...

CAT是一个分析核酸中密码子使用偏性（codon usage bias）、密码子偏差系数（Codon Deviation Coefficient）等特征的分析工具。 CAT (Composition ...

在遗传学中，Ka/Ks或者dN/dS表示的是异意替换（Ka）和同意替换（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。 不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变，反之则...

通常进行多序列比对的时候都是多条蛋白序列或者多条核酸序列进行比对。而TranslatorX是利用蛋白比对的结果对核酸序列进行比对的工具。 TranslatorX分为两个版本，其一是在线服务器，另外提供...

在做基因组拼接的时候，有时候已经获得了一堆contig或者scaffold，然后需要利用另外的一个pair-end或者mate-pair文库进一步做scaffolding的话。用什么软件好呢？ 最近使...

最近在Plos ONE 上看到一篇比较分析基因组拼接软件的文章，该文章列举了目前主流的基因组拼接软件（Genome Assembly），以及相关的算法、使用的数据平台，等等。 下面是软件使用平台和算法...

Public Library of Bioinformatics (PLoB): 这是什么？（what） PLOB是一个专注于生物信息相关领域“图书馆”，它主要专注于收集、整理和记录生物信息学、基因组...

基本 一、数据管理 vector：向量 numeric：数值型向量 logical：逻辑型向量character；字符型向量 list：列表 data.frame：数据框c：连接为向量或列表 leng...

Phrap ("phragment assembly program", or "phil's revised assembly program"), Phrap是由华盛顿大学分子生物技术学院的Phi...

详细的安装及配置步骤请参见iprscan的文档Installing_InterProScan.txt 1.在安装iprscan之前，你的linux系统需要如下基本组件： PERL，这个常见的linux...