很多DNA分子,比如说质粒和细菌染色体是环状的。这样环状的分子上的位置就相对的模糊(比如说原点的定义不同,位置也不同)。在Biojava中真正的环状标志链并不存在。标志实际上是以数组或指针存储的。环状...
BioJava中改变序列的名字
大多数Biojava序列对象是不可改变的。这样的安全特性能避免对数据完整性的破坏。这样,在序列对象中就没有setName()这样的方法。有一种办法是用原始序列作为参数创建原始序列对象的视图。 通过使用...
利用BioJava翻译DNA序列或标志链
要将DNA翻译成蛋白必须执行下列步骤: 转录成RNA 获得标志链的密码子(三联子) 翻译成蛋白 大部分可以通过使用Biojava的Tools类的静态方法实现。下面的程序展示了这个过程。当然了,如果你的...
DNAstar软件的使用(四)Seqman 去除载体
插入到载体上的片段在分析前需要先去除载体序列,而Seqman 提供了自动去除载体的功能,你只需选择你的载体类型即可,点击图中的下拉框即可看到软件自带的载体文件 选择好前后载体后,导入文件的Vector...
决策与风险(统计推断与检验)
/*读书笔记,白话统计系列,力图用普通话讲述统计学的基本概念。这里的题目是“决策与风险”,讲的就是两类错误(type I and type II errors)。以下改编至维恩堡《数理统计初级教程》(...
使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树
BioEdit是一个功能很强大的生物学软件,整合了很多常用的生物信息工具。如:多序列比对,质粒图谱的绘制,查看DNA序列的酶切位点等等。 使用BioEdit可以方便的生成和绘制进化树。 首先,打开序列...
NFS介绍与配置
NFS server可以看作是一个FILE SERVER,它可以让你的PC通过网络将远端得NFS SERVER共享出来的档案MOUNT到自己的系统中,在CLIENT看来使用NFS的远端文件就象是在使用...
用Sequin向NCBI提交序列
关于向NCBI提交序列,前面已经有一篇文章介绍《利用BankIt向NCBI提交序列方法》,现在给大家介绍利用Sequin向NCBI提交序列。 关于Sequin可以从这里下载:http://www.nc...
利用BankIt向NCBI提交序列方法
向NCBI提交序列常用的程序有两个,一个是在线提交的BankIt,一个是用软件Sequin。用哪种办法,根据不同的需要。 BankIt:(在线提交页面:http://www.ncbi.nlm.nih....
Primer-BLAST:NCBI的引物设计和特异性检验工具
Primer-Blast介绍 Primer-BLAST,在线设计用于聚合酶链反应(PCR)的特异性寡核苷酸引物。Primer-BLAST可以直接从Blast主页(http://blast.ncbi.n...