Glossary

FastQ格式介绍

为了便于测序数据的发布和共享,高通量测序数据以FASTQ 格式来记录所测的碱基读段和质量分数.如下图 所示,FASTQ 格式以测序读段为单位存储,每条读段占4 行,其中第1 行和第3行由文件识别标志和...
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Transcriptomics

RNAseq中Reads的可视化及注释

对于复杂的组学数据,能尽可能方便地直接观察数据对于数据的分析和解释都非常重要,对新一代测序数据的可视化和交互展示是一个非常重要但容易被人忽视的问题.不深入考查数据的细节,而是满足于对数据的统计分析,是...
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Glossary

454 GS FLX测序原理

454生命科学公司所研发的新一代测序平台基于光纤微流体技术和包裹了待测DNA片段的乳化液滴技术(炸药中的表面活性剂来维持乳液的热稳定性)。基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Se...
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Glossary

RPKM简介

RNA-seq是透过次世代定序的技术来侦测基因表现量的方法,在衡量基因表现量时,若是单纯以map到的read数来计算基因的表现量,在统计上是一件相当不合理事,因为在随机抽样的情况下,序列较长的基因被抽...
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关于我们

Public Library of Bioinformatics (PLoB): 这是什么?(what) PLOB是一个专注于生物信息相关领域“图书馆”,它主要专注于收集、整理和记录生物信息学、基因组...
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Script

R语言常用函数

基本 一、数据管理 vector:向量 numeric:数值型向量 logical:逻辑型向量character;字符型向量 list:列表 data.frame:数据框c:连接为向量或列表 leng...
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Script

利用BioJava列出序列中的注释

当你读取象GenBank或EMBL这样的序列注释文件时,文件提供的不仅仅是序列本身还有一些更细节的序列信息。如果这个信息拥有位置的话,就可以当作是特征。如果这个信息是很通用的信息比如说是物种名称的话,...
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