利用BioJava翻译DNA序列或标志链

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所属分类:Script

要将DNA翻译成蛋白必须执行下列步骤:

  • 转录成RNA
  • 获得标志链的密码子(三联子)
  • 翻译成蛋白

大部分可以通过使用Biojava的Tools类的静态方法实现。下面的程序展示了这个过程。当然了,如果你的序列已经是RNA,那么就不用转录步骤。

注意:如果你对一条长度非三的倍数的序列或标志链创建三联子视图(triplet view),IllegalArgumentException将会被抛出。参看“如何得到子序列“将会提示你如何得到序列的一部分,用这一部分进行翻译。


import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;

public class Translate {

public static void main(String[] args){
try{
//
SymbolList symL = DNATools.createDNA("atggccattgaatga");

//
symL = RNATools.transcribe(symL);

//
symL = RNATools.translate(symL);

System.out.println(symL.seqString());
}
catch(IllegalAlphabetException ex){
//
ex.printStackTrace();
}
catch(IllegalSymbolException ex){
//
ex.printStackTrace();
}
}
}

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