RPKM, FPKM, TPM区别 Transcriptomics

RPKM, FPKM, TPM区别

在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行標准化(normalization)是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域內的read counts数目取决於基因长度和测序...
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转录组组装工具StringTie Transcriptomics

转录组组装工具StringTie

StringTie由约翰霍普金斯大学联合德州大学西南医学中心开发,能够组装转录本并预计表达水平。它应用网络流算法和可选的denovo组装,将复杂的数据集组装成转录本。 相对于其他拼接软件(Cuffli...
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通俗易懂WGCNA Transcriptomics

通俗易懂WGCNA

引文 每当我使用一个新的软件/算法时(相较于组内之前的研究),导师总喜欢问我背后的原理。她可以不懂,但我必须给她讲明白。 想给一个实验背景的人,讲明白一个算法的内在逻辑,属实不易。光是一颗聚类树,我就...
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