要保证当前文件夹下面有了742KO1.count等4个文件，就是用htseq对比对的bam文件进行处理后的输出文件。 library(DESeq) #加载数据 K1=read.table(“742KO...
RNA-seq流程对基因和转录本的表达量的计算
bedtools multicov和htseq-count都可以用来对基因和转录本的表达量的计算！！！ 我们总共有四个样本，已经比对到小鼠的mm9基因组上面了，数据大小如下 然后对基因和转录本计数需要...
使用Bedtools对RNA-seq进行基因计数
以前是没有想过用这个软件的，直到有一个我的htseq无法对比对的bam文件进行基因计数（后来我才发现htseq无法计数的原因是gtf版本不同导致坐标不同，而且gtf对染色体编号没有加上chr），我简单...
R语言DESeq找差异基因
一：安装并加装该R包 安装就用source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) ;biocLite(“DESeq”)即可，如果安装失败，就需要自己下载源码包，然...
RNA-seq比对软件HISAT说明书
取代bowtie tophat进行RNA-seq比对 HISAT全称为Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts，由约翰霍普金...
RNA-seq的比对软件star说明书
首先当然是下载软件啦！ 两个地方可以下载，一个是谷歌code中心，被墙啦，另一个是github，我的最爱。 wget https://codeload.github.com/alexdobin/STA...
RPKM, FPKM, TPM区别
在RNA-Seq的分析中，对基因或转录本的read counts数目进行標准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域內的read counts数目取决於基因长度和测序...
rMATS差异可变剪切分析
rMATS是一款对RNA-Seq数据进行差异可变剪切分析的软件。其通过rMATS统计模型对不同样本（有生物学重复的）进行可变剪切事件的表达定量，然后以likelihood-ratio test计算P ...
转录组组装工具StringTie
StringTie由约翰霍普金斯大学联合德州大学西南医学中心开发，能够组装转录本并预计表达水平。它应用网络流算法和可选的denovo组装，将复杂的数据集组装成转录本。 相对于其他拼接软件（Cuffli...
转录组差异表达分析工具Ballgown
Ballgown是分析转录组差异表达的R包。 1、软件安装： 运行R， source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ballgown"...