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首页Transcriptomics第 2 页
Transcriptomics

转录组入门(3):质量控制

需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量! 数据解压 之前下载了所有的数据,但只有样本915才是mRNA-Seq测序结果,...
02月25日12,3381 FastQC RNA-seq
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转录组入门(2):读文章拿到测序数据

本系列课程学习的文章是:AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commu...
02月25日17,6211 RNA-seq SRA
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Transcriptomics

RNA-seq数据综合分析教程

2 RNA-seq数据分析 mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术,一般的用法就是看看基因表达谱,寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘,也是因为RNA-seq。 一开始我对mRNA-s...
02月25日36,4335RNA-seq
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Transcriptomics

基于RNA-Seq的转录组数据分析入门介绍

  基于RNA-Seq的转录组数据分析已经在研究中运用了近10来年了,现在一些杂志在发表论文的时候reviewers已经倾向于用RNA-Seq来替代RT-qPCR。对于生物信息专业“干实验”...
02月17日12,346评论RNA-seq 转录组
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Transcriptomics

差异表达基因时的Log2FC和FDR值的含义?

转录组分析差异表达基因时,结果中会出现Log2FC和FDR值,这两个是什么意思呢? log2FC中的FC即 fold change,表示两样品(组)间表达量的比值,对其取以2为底的对数之后即为log2...
02月13日65,389评论FDR 差异表达
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Transcriptomics

基因组变异的表示形式

VCF文件格式 在进行变异检测后我们最后以VCF格式存放找到的变异。尽管大部分情况下,我们都不需要直接和VCF文件打交道,通常就是将其作为输入提供给后续的分析。但是,你对VCF的格式越熟悉,你就能使用...
01月26日5,515评论VCF 基因组变异
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Transcriptomics

为什么说FPKM/RPKM是错的

去年,我接触了一个RNA-seq的项目,做完之后,我重新思考了FPKM和RPKM的计算,觉得它们很可能是不对的,后来查阅了一些文献终于验证了我的想法。现在我重新将这个过程记录下来: 1. FPKM和R...
01月25日4,8273FPKM RNA-seq
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Transcriptomics

转录组入门(1):软件准备

系统准备 windows10: Unbuntu on windows10 微软的良心 软件准备 我的习惯: 家目录下创建src文件夹,用于存放软件包 家目录下创建biosoft文件夹,用于安装软件 为...
01月25日13,0652RNA-seq 转录组
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Transcriptomics

使用GSEA对基因表达数据做富集分析

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori de...
01月23日4,935评论GSEA 富集分析
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Transcriptomics

Window安装基因集富集分析软件GSEA

基因集富集分析(Gene Set EnrichmentAnalysis, GSEA),根据名称我们就可以知道这是一种对基因进行富集的工具和方法。 其基本思想是使用预设定的基因集(通常是基因组注释信息或...
01月23日5,5531 GSEA 富集分析
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