RNA-seq数据综合分析教程 Transcriptomics

RNA-seq数据综合分析教程

2 RNA-seq数据分析 mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术,一般的用法就是看看基因表达谱,寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘,也是因为RNA-seq。 一开始我对mRNA-s...
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基因组变异的表示形式 Transcriptomics

基因组变异的表示形式

VCF文件格式 在进行变异检测后我们最后以VCF格式存放找到的变异。尽管大部分情况下,我们都不需要直接和VCF文件打交道,通常就是将其作为输入提供给后续的分析。但是,你对VCF的格式越熟悉,你就能使用...
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为什么说FPKM/RPKM是错的 Transcriptomics

为什么说FPKM/RPKM是错的

去年,我接触了一个RNA-seq的项目,做完之后,我重新思考了FPKM和RPKM的计算,觉得它们很可能是不对的,后来查阅了一些文献终于验证了我的想法。现在我重新将这个过程记录下来: 1. FPKM和R...
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