本系列课程学习的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commu...
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RNA-seq数据综合分析教程
2 RNA-seq数据分析 mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术，一般的用法就是看看基因表达谱，寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘，也是因为RNA-seq。 一开始我对mRNA-s...
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基于RNA-Seq的转录组数据分析入门介绍
基于RNA-Seq的转录组数据分析已经在研究中运用了近10来年了，现在一些杂志在发表论文的时候reviewers已经倾向于用RNA-Seq来替代RT-qPCR。对于生物信息专业“干实验”...
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差异表达基因时的Log2FC和FDR值的含义？
转录组分析差异表达基因时，结果中会出现Log2FC和FDR值，这两个是什么意思呢？ log2FC中的FC即 fold change，表示两样品（组）间表达量的比值，对其取以2为底的对数之后即为log2...
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基因组变异的表示形式
VCF文件格式 在进行变异检测后我们最后以VCF格式存放找到的变异。尽管大部分情况下，我们都不需要直接和VCF文件打交道，通常就是将其作为输入提供给后续的分析。但是，你对VCF的格式越熟悉，你就能使用...
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为什么说FPKM/RPKM是错的
去年，我接触了一个RNA-seq的项目，做完之后，我重新思考了FPKM和RPKM的计算，觉得它们很可能是不对的，后来查阅了一些文献终于验证了我的想法。现在我重新将这个过程记录下来： 1. FPKM和R...
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转录组入门（1）：软件准备
系统准备 windows10： Unbuntu on windows10 微软的良心 软件准备 我的习惯： 家目录下创建src文件夹，用于存放软件包 家目录下创建biosoft文件夹，用于安装软件 为...
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使用GSEA对基因表达数据做富集分析
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori de...
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Window安装基因集富集分析软件GSEA
基因集富集分析（Gene Set EnrichmentAnalysis, GSEA），根据名称我们就可以知道这是一种对基因进行富集的工具和方法。 其基本思想是使用预设定的基因集（通常是基因组注释信息或...
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基因通路富集分析方法大总结
基因通路富集分析 (gene set pathway enrichment analysis) 是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白。一般是高通量实验，如基因芯片，RNA-Seq，蛋白质组学...