今天搜了一下，在PLoB中已经有不少介绍构建进化树的文章，目前构建进化树的算法中比较常用的有ML（maximum likelihood，最大似然），MP（maximum parsimony，最大简约）...
EvolutionFastTree：快速对成千上万条序列构建进化树
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Evolution
Evolution使用DnaSP计算核苷酸多样性和单倍型多样性
熊荣川， 中国科学院成都生物研究所 在进行种群遗传学研究时，都会用到核苷酸多样性（π）和单倍型多样性（Hd）。 下面简单介绍怎样用软件 DnaSP v5（Librado et al.，2009）得到相...
EvolutionPhylip分子进化软件分析
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Evolution《物种起源》第七章:对于自然选择学说的种种异议
长寿--变异不一定同时发生--表面上没有直接用处的变异--进步的发展--机能上不大重要的性状最稳定--关于所想像的自然选择无力说明有用构造的初期阶段--干涉通过自然选择获得有用构造的原因--伴随着机能...
Evolution《物种起源》第九章:杂种性质
周建人 叶笃庄 方宗熙 译 第一次杂交不育性和杂种不育性的区别--不育性具有种种不同的程度，它不是普遍的，近亲交配对于它的影响，家养把它消除--支配杂种不育性的法则--不育性不是一种特别的禀赋，而是伴...
Evolution《物种起源》第八章:本能
周建人 叶笃庄 方宗熙 译 本能可以与习性比较，但它们的起源不同--本能的级进--蚜虫和蚁--本能是变异的--家养的本能，它们的起源--杜鹃、牛鸟、驼鸟以及寄生蜂的自然本能--养奴隶的蚁--蜜蜂，它的...
Evolution《物种起源》第十章:论地质记录的不完全
今日中间变种的不存在--绝灭的中间变种的性质以及它们的数量--从剥蚀的速率和沉积的速率来推算时间的经过--从年代来估计时间的经过--古生物标本的贫乏--地质层的间断--花岗岩地域的剥蚀--在任何一个地...
Evolution《物种起源》第十一章:论生物在地质上的演替
周建人 叶笃庄 方宗熙 译 新种慢慢地陆续出现--它们的变化的不同速率--物种一旦灭亡即不再出现--在出现和消灭上物种群所遵循的一般规律与单一物种相同--论绝灭--全世界生物类型同时发生变化--绝灭物...
Evolution《物种起源》第十二章:地理分布
周建人 叶笃庄 方宗熙 译 今日的分布不能用物理条件的差别来解释——障碍物的重要性——同一大陆上的生物的亲缘——创造的中心——由于气候的变化、土地高低的变化、以及偶然原因的散布方法——在冰期中的散布—...
Evolution《物种起源》第十三章:地理分布（续）
周建人 叶笃庄 方宗熙 译 淡水生物的分布--论海洋岛上的生物--两栖类和陆栖哺乳类的不存在--岛屿生物与最近大陆上生物的关系--从最近原产地移来的生物及其以后的变化--前章和本章的提要。 淡水生物 ...