作者：陈亮 单位：中科院微生物所， 编辑： 刘永鑫 编者按：上个月菌群月坛，在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验，不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识，更使我手上一个关于菌根的课题有极大的...

在之前的文章中，对motif的几个基本概念进行了简单介绍。一致性序列采用IUPAC碱基表示标准来描述motif的序列信息，sequence logo是结合碱基分布频率和一致性序列的一种直观展示形式。本...

由于生物信息的大部分工作都是在没有 root 权限的集群上进行的，本期主要介绍一下非 root 用户怎么安装群体遗传常用的软件。工欲善其事，必先利其器！ 准备工作 1、首先我们建一个文件夹，用来存储我...

今天给大家推荐一个高通量测序数据质控神器——Trimmomatic。这个于 2014 年发表在 Bioinformatics 上的软件，至今为止在 Web of Science 上可以检索到 2,09...

前言这次学习的本体是来自剑桥大学: Vladimir Kiselev, Tallulah Andrews, Davis McCarthy and Martin Hemberg几位大佬建立的course...

线图 线图是反映趋势变化的一种方式，其输入数据一般也是一个矩阵。 单线图 假设有这么一个矩阵，第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域，第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度，想绘制一张线图展...

关于对照 说到实验设计就不得不提到对照。从小老师教育我们，没有对照组的实验是不完整的，或者说就没有任何意义。所有的生化湿实验都很讲究完整的正对照和负对照。当然，下面的实验我都没做过。。。 蛋白相关实验...

IGV是本地浏览测序数据功能最为强大的基因组浏览器，支持多种不同类型的输入格式和不同的显示方式，如峰图、线图、柱状图、Sashimi-plot。同时还可以配合bedtools使用。 新版的Window...

Samtools是一个用于操作序列比对结果sam和bam文件的工具合集。 sam文件格式 SAM格式由两部分组成：头部区和比对区，都以tab分列。 头部区:以’@’开始，体现了比对的一些总体信息。比对...

ideogram在基因组绘图中往往表示的就是染色体，在大多数情况下，ideogram是配置文件中重要的部分，也是相对参数较多的circos配置文件。主要内容包括染色体的半径、宽度、颜色，染色体排列方式...