Clustal的使用总结(Clustalx+Clustalw)

Clustal包括Clustalx和Clustalw(前者是图形化界面版本后者是命令界面),是生物信息学常用的多序列比对工具。最近在网上看到一篇关于clustal使用的介绍,里面对clustalx和clustalw的下载、参数设定等等多项使用细节都当做了介绍,并有截图。于是拿过来与大家分享。

1.下载地址:

官方下载地址:http://www.clustal.org/download/current/

Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到,包括linux、Win、Mac...

Clustal的使用总结(Clustalx+Clustalw)

2.原理:序列同源性分析:

将待研究序列加入到一组与之同源,但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较,以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等;

Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具,由Higgins D.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本,包括linux版,DOS版的clustlw,clustalx等。

CLUSTAL是一种渐进的比对方法,先将多个序列两两比对构建距离矩阵,反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树,对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开始,逐步引入临近的序列并不断重新构建比对,直到所有序列都被加入为止。

3.操作

3.1 Clustalx的操作

第一步:输入序列文件。

Clustal的使用总结(Clustalx+Clustalw)

第二步:设定比对的一些参数。

Clustal的使用总结(Clustalx+Clustalw)

参数设定窗口。

Clustal的使用总结(Clustalx+Clustalw)

第三步:开始序列比对。

Clustal的使用总结(Clustalx+Clustalw)

Clustal的使用总结(Clustalx+Clustalw)

第四步:比对完成,选择保存结果文件的格式

Clustal的使用总结(Clustalx+Clustalw)

Clustal的使用总结(Clustalx+Clustalw)

3.2 Clustalw的使用(一)

第一步:按屏幕提示选择1,输入序列文件

注意:请把你需要比对的多条序列合并为一条,放在一个文件中

Clustal的使用总结(Clustalx+Clustalw)

第二步:选择保存文件的形式,按提示选择,你会的!

第三步:参数设置好后,按Enter返回主界面,开始比对!

Clustal的使用总结(Clustalx+Clustalw)

关于clustalx的使用参数和批量运行和处理数据的功能,请参考:《Clustal难道不能批量运行?

EBI提供的在线clustalw服务

http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

可以在这里得到更多关于clustal的帮助:

http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html

本文来自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_5d1edf6a0100x2ji.html

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