多重序列比对的着色美化

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所属分类:Bioinformatics

【絮语】

多重比对是核苷酸和氨基酸序列分析的重要内容之一,通过多重比对,可以找出序列的保守区域,可以为分子进化分析提供依据。但由于软件的功能限制,一些比对软件生成的比对文件,如Clustalx的*.aln文件,可读性差,无法满足高质量期刊的要求。因此,在实际操作过程中,需要对一些多重序列比对的文件进行着色美化。
【类别】

着色美化依据划分标准不同,有多种着色类型。

(1)根据着色操作的智能程度,可分为自动着色模式和手动着色模式,如:SeqLogo和GeneDoc;

(2)根据着色色彩效果不同,则可以分为黑白模式和彩色模式,如:Boxshade和ESpript;

(3)根据联网方式,则可以分为在线方式和本地(离线)方式,如:Boxshade和GeneDoc;

(1)Boxshade 着色美化(仅黑白模式,在线运行)

在线网址:http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html
推荐输出格式为『RTF_New』(需等宽字体方可在Word显示正常),输入格式推荐用ALN格式,用记事本打开Clustalx比对文件,复制全部内容粘贴在相应选项框内。
相关教程详见高老师的《序列着色软件Boxshade图解教程(By Raindy)》,百度文库可下载:
http://wenku.baidu.com/view/0fda81170b4e767f5acfce9c.html,本文不再赘述,具体效果图如下:

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(2) ESpript 着色美化(黑白/彩色模式,在线运行)

在线网址:http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
提交时蛋白质序列时,可以将蛋白的结构文件*.pdb 文件一起上传,即可在比对上方显示二级结构示意图。
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具体操作步骤详见《ESpript 美化多重比对序列图解(By Raindy)》(http://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1385876060)一文,生成效果图如下所示,详见《马铃薯Y病毒pipo基因的分子变异及结构特征分析》(遗传):

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(3)TEXshade着色美化 (黑色/彩色模式,本地运行)
详见《多重比对着色软件包 TEXshade安装教程》一文,效果图如下图所示:

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(4)GeneDoc 着色美化(黑白/彩色模式,本地运行)
未完待续,Coming Soon...

(5)WebLogo/SeqLogo 美色美化(黑白/彩色模式,在线/本地运行)
WebLogo在线网址:http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi
SeqLogo在线网址:

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(6)JProfileGrid(彩色模式,Java程序,本地运行)
对于超大量的序列多重比对,推荐使用JProfileGrid美化
下载地址:http://www.profilegrid.org/downloads.shtml

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原文引自:http://user.qzone.qq.com/58001704/2?ptlang=2052

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