使用Trimmonmatic进行NGS reads的过滤与修剪

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1. Trimmomatic

Trimmomatic使用JAVA运行，速度快。同时该软件进行reads QC的原理非常好。因此，最推荐使用此软件进行NGS reads的QC。
参考文献：Lohse M, Bolger AM, Nagel A, Fernie AR, Lunn JE, Stitt M, Usadel B. RobiNA: a user-friendly, integrated software solution for RNA-Seq-based transcriptomics. Nucleic Acids Res. 2012 Jul;40(Web Server issue):W622-7.

2. 常用例子

java -jar /opt/biosoft/Trimmomatic-0.30/trimmomatic-0.30.jar PE \ -threads 20 -phred33 reads1.fastq reads2.fastq \ reads1.clean.fastq reads1.unpaired.fastq reads2.clean.fastq reads2.unpaired.fastq \ ILLUMINACLIP:/opt/biosoft/Trimmomatic-0.30/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 \ LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:50

3. 使用参数

有关该软件的详细使用方法，见： Trimmomatic: A flexible read trimming tool for Illumina NGS data

PE/SE
    设定对Paired-End或Single-End的reads进行处理，其输入和输出参数稍有不一样。
-threads
    设置多线程运行数
-phred33
    设置碱基的质量格式，可选pred64
ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10
    切除adapter序列。参数后面分别接adapter序列的fasta文件：允许的最大mismatch
数：palindrome模式下匹配碱基数阈值：simple模式下的匹配碱基数阈值。
LEADING:3
    切除首端碱基质量小于3的碱基
TRAILING:3
    切除尾端碱基质量小于3的碱基
SLIDINGWINDOW:4:15
    Perform a sliding window trimming。Windows的size是4个碱基，其平均碱基
质量小于15，则切除。
MINLEN:50
    最小的reads长度
CROP:<length>
    保留reads到指定的长度
HEADCROP:<length>
    在reads的首端切除指定的长度
TOPHRED33
    将碱基质量转换为pred33格式
TOPHRED64
    将碱基质量转换为pred64格式

软件的详细使用方法请参考使用手册：http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/TrimmomaticManual_V0.30.pdf

原文来自：http://www.chenlianfu.com/?p=1948

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