多重比对着色软件包 TEXshade 图解安装教程

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所属分类:Bioinformatics

【絮语】

TEXshade 是 Latex 的一个宏包,可以对 MSF或 ALN 格式的多重比对文件以不同的方式进行着色美化,并可以对重要的位置和区域作出标记。用 TEXshade软件包能做出来的多重比对可视化效果,常常让人耳目一新,当然也是投高IF期刊所必须的。

如果有 LaTeX 基础,TEXshade 可能只是小菜一碟;但如果没有任何的Latex基础,也不担心,看完教程相信也会收获,先上张效果图养养眼。

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准备工作:

(1)中文的 LaTeX - CTEX,下载地址:http://ftp.ctex.org/pub/tex/systems/ctex/2.9/CTeX_2.9.2.164.exe (基础版,203M)

(2)LaTeX 的*.tex 的编辑工具-Texmarker,下载地址:http://www.xm1math.net/texmaker/texmakerwin32_install.exe (46.3M)

(3)TEXshade宏包,请移步到网盘下载:http://raindy.ys168.com/  (生信软件目录下texshade.zip 压缩包, 1.1M)

 

安装流程:

(1) 直接双击运行下载的CTEX,安装过程中,可以不安装Ghostscript、GSview和WinEdt三个组件,如下图所示:

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(2)双击安装Texmaker,直接下一步下一步安装,直至出现下面窗口后,点击“Close”完成。

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(3)将 texshade.zip 压缩包解出来,最好放在非系统盘下,如本例路径为 D:\TEXshade\,注意检查该目录下是否有 texshade.ins 文件。

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(4) 在 Windows的 “开始”-运行中输入“cmd”,调出Windows 的命令行窗口,将当前路径转到 TEXshade所在的目录下( D:\TEXshade\),如下图所示,此时输入“Latex texshade.ins”,回车,如果出现下图的信息,说明编译通过。

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重复输入“Latex texshade.ins”再次编译,texshade.ins 编译2-3次后退出Windows命令行窗口,返回到TEXshade目录,此时比先前多了一些文件,这些是都编译生成的,如:AQPDNA.MSF 是比对的示例文件。

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原文引自:http://user.qzone.qq.com/58001704/2?ptlang=2052

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