MEGA构建系统进化树的步骤

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所属分类:Evolution

MEGA 是一个非常优秀的序列比对和系统进化树构建软件,使用方便,完全免费,可从其网站下载, 最新版本是4.0。下面是用MEGA构建系统进化树的简明操作流程(具体细节请参考相关MEGA教程及使用说明):

1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件,注意:所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。

2. 打开MEGA软件,选择”Alignment” – “Alignment Explorer/CLUSTAL”,在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK,找到准备好的序列文件并打开。

3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐,对齐过程需要一段时间,对齐完成后,最好将序列两端切齐,选择两端不齐的部分,单击右键,选择delete即可。

4. 关闭当前窗口,关闭的时候会提示两次否保存,第一次无所谓,保存不保存都可以,第二次一定要保存,保存的文件格式是.meg。根据提示输入Title,然 后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。最后出现一个对话框询问是否打开,选择Yes。

5. 回到MEGA主窗口,在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”,打开一个窗口,里面有很多参数可以设置,如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书,不会设置就暂且使用默认 值,不要修改,点击下面的Compute按钮,系统进化树就画出来了。

6. 最后,使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。另外,还可以用Word进一步编辑MEGA构建的进化树。

构建进化树

From: www.yelinsky.com

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