PET概述 将由各种前期实验得到较长的DNA片段，取出其前后两个端的小段序列，称作Paired-End Tags, 将这些tags进行测序然后map到基因组上，从这两个tags就可以知道得到了基因组上...

简介 1、概述 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensible Data (B...

新一代测序技术的出现改变了基因表达谱分析和转录组研究。在其他方法还依赖预知信息进行杂交探针或qPCR引物设计时，RNA-Seq技术可直接对测序文库中任一RNA分子进行无假设的分析。RNA-Seq技术不...

最近读到一篇Nature Method上一篇关于RNA-seq数据分析的文章，觉得很不错，杜宇刚开始多转录组分析的同学很有帮助，里面还介绍了一些关于可变剪接的问题。 下面列上列上的基本信息： Comp...

自罗氏旗下454生命科学推出测序读长达1,000 bp的454+（GS FLX+）测序系统以来，千年基因已利用该平台成功开展了大量全基因组测序项目。其中，苣苔的全基因组de novo测序组装已经初步完...

一、 转录组测序概述 转录组是特定物种、组织或细胞类型转录的所有RNA（转录本）的集合，包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA， 非编码RNA又包括：tRNA，rRNA，snoRNA...

生物芯片与第二代测序技术是两种重要的高通量基因组学研究方法，在生命科学研究领域有着极其广泛的应用前景。经过近20年的发展，生物芯片技术逐渐成熟，正在向着 “高密度，灵活定制，微量样品” 的方向发展，从...

生物芯片与第二代测序技术是两种重要的高通量基因组学研究方法，在生命科学研究领域有着极其广泛的应用前景。经过近20年的发展，生物芯片技术逐渐成熟，正在向着 “高密度，灵活定制，微量样品” 的方向发展，从...

利用转录组测序如何研究选择性剪接规律? 答：在真核生物中，选择性剪接现象普遍存在。基因转录形成的mRNA前体（pre-mRNA）在剪接过程中因去掉不同的内含子区域或保留不同的外显子区域，可形成不同的剪...

Since version 2.3, newbler has a -cdna option for de novo transcriptome assembly. In this post, I’ll...