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首页转录组
Transcriptomics

基于RNA-Seq的转录组数据分析入门介绍

  基于RNA-Seq的转录组数据分析已经在研究中运用了近10来年了,现在一些杂志在发表论文的时候reviewers已经倾向于用RNA-Seq来替代RT-qPCR。对于生物信息专业“干实验”...
02月17日12,541评论RNA-seq 转录组
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Transcriptomics

转录组入门(1):软件准备

系统准备 windows10: Unbuntu on windows10 微软的良心 软件准备 我的习惯: 家目录下创建src文件夹,用于存放软件包 家目录下创建biosoft文件夹,用于安装软件 为...
01月25日13,2112RNA-seq 转录组
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Transcriptomics

RNA-Seq数据分析新方法流程(HISAT、StringTie和Ballgown)

Tophat+cufflinks组合是RNA-Seq数据分析的一个很经典的分析方法了,四年前关于这两个软件的使用,Nature Protocol专门发文介绍如何使用这两个软件,具体可以参考《利用top...
08月31日16,6041 RNA-seq 转录组
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Transcriptomics

关于转录组比对STAR软件使用

因为不连续的转录本结构,相对短的片段长度,和测序技术持续增加的通量,高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题。当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率,低比对速度,片段长...
01月28日13,149评论RNA-seq 转录组
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Transcriptomics

转录组 de novo流程–包括转录本完整注释

有网友咨询过对于没有参考基因组或者转录组的物种,如何做RNA-seq分析。我觉得这个问题太大了,而且我还真的对这个没有经验。但是我以前看到过一篇文献,里面提到过一个非常全面的转录组 de novo组装...
01月14日6,886评论注释 转录组
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Transcriptomics

融合基因检测软件-soapfusion

开发单位:华大,SOAP系列软件套装! 功能:检测合基因 优点:在现有的各种软件里面表现算是最好的 算法:是hash index,跟其它bwt算法不太一样 官网:http://soap.genomic...
01月14日4,505评论soapfusion 转录组
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Bioinformatics

转录组cufflinks套装的使用

cufflinks套装有很多,我们主要使用的只有三个 Cufflinks是用来处理tophat的输出的bam文件然后输出gtf文件 cuffmerge把多个样本的gtf文件合并的,也没啥子用,主要是测...
01月14日3,422评论Cufflinks 转录组
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Transcriptomics

转录组组装工具StringTie

StringTie由约翰霍普金斯大学联合德州大学西南医学中心开发,能够组装转录本并预计表达水平。它应用网络流算法和可选的denovo组装,将复杂的数据集组装成转录本。 相对于其他拼接软件(Cuffli...
01月05日5,835评论StringTie 转录组
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Transcriptomics

转录组差异表达分析工具Ballgown

Ballgown是分析转录组差异表达的R包。 1、软件安装: 运行R, source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ballgown"...
01月05日8,018评论Ballgown 转录组
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Transcriptomics

StringTie:转录组分析软件介绍

StringTie是一个新的转录组标表达定量软件,下面是组装算法示意图 摘要 转录组项目测序往往会产生2亿多得read。我们引入了StringTie软件,他利用了最优化算法(生信科班出身的应该必修课)...
11月11日12,987评论StringTie 转录组
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