转录组 | Public Library of Bioinformatics

基于RNA-Seq的转录组数据分析入门介绍

基于RNA-Seq的转录组数据分析已经在研究中运用了近10来年了，现在一些杂志在发表论文的时候reviewers已经倾向于用RNA-Seq来替代RT-qPCR。对于生物信息专业“干实验”...

02月17日 327 发表评论收藏

系统准备 windows10： Unbuntu on windows10 微软的良心软件准备我的习惯：家目录下创建src文件夹，用于存放软件包家目录下创建biosoft文件夹，用于安装软件为...

01月25日 506 发表评论收藏

Tophat+cufflinks组合是RNA-Seq数据分析的一个很经典的分析方法了，四年前关于这两个软件的使用，Nature Protocol专门发文介绍如何使用这两个软件，具体可以参考《利用top...

08月31日 7,911 1 收藏

因为不连续的转录本结构，相对短的片段长度，和测序技术持续增加的通量，高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题。当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率，低比对速度，片段长...

01月28日 1,909 发表评论收藏

有网友咨询过对于没有参考基因组或者转录组的物种，如何做RNA-seq分析。我觉得这个问题太大了，而且我还真的对这个没有经验。但是我以前看到过一篇文献，里面提到过一个非常全面的转录组 de novo组装...

01月14日 2,217 发表评论收藏

开发单位：华大，SOAP系列软件套装！功能：检测合基因优点：在现有的各种软件里面表现算是最好的算法：是hash index，跟其它bwt算法不太一样官网：http://soap.genomic...

01月14日 1,471 发表评论收藏

cufflinks套装有很多，我们主要使用的只有三个 Cufflinks是用来处理tophat的输出的bam文件然后输出gtf文件 cuffmerge把多个样本的gtf文件合并的，也没啥子用，主要是测...

01月14日 1,243 发表评论收藏

StringTie由约翰霍普金斯大学联合德州大学西南医学中心开发，能够组装转录本并预计表达水平。它应用网络流算法和可选的denovo组装，将复杂的数据集组装成转录本。相对于其他拼接软件（Cuffli...

01月05日 945 发表评论收藏

Ballgown是分析转录组差异表达的R包。 1、软件安装：运行R， R会自动安装Ballgown，及相应的依赖包。 2、Ballgown的输入文件 StringTie使用-B参数直接生成Ballg...

01月05日 1,384 发表评论收藏

StringTie是一个新的转录组标表达定量软件，下面是组装算法示意图摘要转录组项目测序往往会产生2亿多得read。我们引入了StringTie软件，他利用了最优化算法(生信科班出身的应该必修课)...

11月11日 48 发表评论收藏