转录组 | Public Library of Bioinformatics

RNA-Seq数据分析新方法流程(HISAT、StringTie和Ballgown)

Tophat+cufflinks组合是RNA-Seq数据分析的一个很经典的分析方法了，四年前关于这两个软件的使用，Nature Protocol专门发文介绍如何使用这两个软件，具体可以参考《利用top...

08月31日阅读 4,823 1

因为不连续的转录本结构，相对短的片段长度，和测序技术持续增加的通量，高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题。当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率，低比对速度，片段长...

01月28日阅读 727 发表评论

有网友咨询过对于没有参考基因组或者转录组的物种，如何做RNA-seq分析。我觉得这个问题太大了，而且我还真的对这个没有经验。但是我以前看到过一篇文献，里面提到过一个非常全面的转录组 de novo组装...

01月14日阅读 977 发表评论

开发单位：华大，SOAP系列软件套装！功能：检测合基因优点：在现有的各种软件里面表现算是最好的算法：是hash index，跟其它bwt算法不太一样官网：http://soap.genomic...

01月14日阅读 594 发表评论

cufflinks套装有很多，我们主要使用的只有三个 Cufflinks是用来处理tophat的输出的bam文件然后输出gtf文件 cuffmerge把多个样本的gtf文件合并的，也没啥子用，主要是测...

01月14日阅读 652 发表评论

StringTie由约翰霍普金斯大学联合德州大学西南医学中心开发，能够组装转录本并预计表达水平。它应用网络流算法和可选的denovo组装，将复杂的数据集组装成转录本。相对于其他拼接软件（Cuffli...

01月05日阅读 207 发表评论

Ballgown是分析转录组差异表达的R包。 1、软件安装：运行R， source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ballgown"...

01月05日阅读 206 发表评论

一：下载安装该R包 clusterProfiler是业界很出名的YGC写的R包，非常通俗易懂，也很好用，可以直接根据cuffdiff等找差异的软件找出的差异基因entrez ID号直接做好富集的所有内...

08月14日阅读 771 2

一：下载安装该软件下载安装该软件： wget https://codeload.github.com/TransDecoder/TransDecoder/tar.gz/2.0.1 解压进入该目录，...

08月14日阅读 235 发表评论

edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。一个过度离散的泊松模型被用于说明生物学可变性和技术可变性。经验贝叶斯方法被用于减轻跨转录本的过度离散程度，改进了推断的可靠性。...

08月14日阅读 307 发表评论