基于RNA-Seq的转录组数据分析已经在研究中运用了近10来年了，现在一些杂志在发表论文的时候reviewers已经倾向于用RNA-Seq来替代RT-qPCR。对于生物信息专业“干实验”...
基于RNA-Seq的转录组数据分析入门介绍
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转录组入门（1）：软件准备
系统准备 windows10： Unbuntu on windows10 微软的良心 软件准备 我的习惯： 家目录下创建src文件夹，用于存放软件包 家目录下创建biosoft文件夹，用于安装软件 为...
RNA-Seq数据分析新方法流程(HISAT、StringTie和Ballgown)
Tophat+cufflinks组合是RNA-Seq数据分析的一个很经典的分析方法了，四年前关于这两个软件的使用，Nature Protocol专门发文介绍如何使用这两个软件，具体可以参考《利用top...
关于转录组比对STAR软件使用
因为不连续的转录本结构，相对短的片段长度，和测序技术持续增加的通量，高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题。当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率，低比对速度，片段长...
转录组 de novo流程–包括转录本完整注释
有网友咨询过对于没有参考基因组或者转录组的物种，如何做RNA-seq分析。我觉得这个问题太大了，而且我还真的对这个没有经验。但是我以前看到过一篇文献，里面提到过一个非常全面的转录组 de novo组装...
融合基因检测软件-soapfusion
开发单位：华大，SOAP系列软件套装！ 功能：检测合基因 优点：在现有的各种软件里面表现算是最好的 算法：是hash index，跟其它bwt算法不太一样 官网：http://soap.genomic...
转录组cufflinks套装的使用
cufflinks套装有很多，我们主要使用的只有三个 Cufflinks是用来处理tophat的输出的bam文件然后输出gtf文件 cuffmerge把多个样本的gtf文件合并的，也没啥子用，主要是测...
转录组组装工具StringTie
StringTie由约翰霍普金斯大学联合德州大学西南医学中心开发，能够组装转录本并预计表达水平。它应用网络流算法和可选的denovo组装，将复杂的数据集组装成转录本。 相对于其他拼接软件（Cuffli...
转录组差异表达分析工具Ballgown
Ballgown是分析转录组差异表达的R包。 1、软件安装： 运行R， source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ballgown"...
StringTie:转录组分析软件介绍
StringTie是一个新的转录组标表达定量软件，下面是组装算法示意图 摘要 转录组项目测序往往会产生2亿多得read。我们引入了StringTie软件，他利用了最优化算法(生信科班出身的应该必修课)...