基因表达标准化 不同样品的测序量会有差异，最简单的标准化方式是计算 counts per million (CPM)，即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000。 这种计算方...
DESeq2差异基因分析和批次效应移除
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批次效应（batch effect）
一、定义 下面是大佬给出来的关于批次效应(batch effect)的定义： Batch effects are sub-groups of measurements that have qualit...
矫正批次效应
批次效应(batch effect)简单说来就是因为实验做了几个批次导致的实验误差，比如芯片数据，每次都要用机器读取，那么光照时间和强度每次都可能不一样， 极有可能出现批次效应。 再比如，实验的三个重...
如何处理批次效应（batch effect）
在生信分析过程中，尤其是转录组分析中，经常会遇到测得数据不足，需要利用公共数据库中已有的数据，那么能将这些数据直接和测序的数据混合吗？如果贸然混合，会有什么问题？ 10年nature有一篇综述，专门讲...
单细胞转录组数据校正批次效应实战（上）
什么是批次效应？ 大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞，这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致，另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上 具体可以看这篇文章：https://www.natu...
单细胞转录组分析：多样本合并与批次校正
前言 实际的科研项目中不可能只有一个样本，多样本的单细胞数据如何合并在一起，是否需要校正批次效应呢？先上一张图说明多样本scRNA数据的批次效应： 左边的图简单地把多个单细胞的数据合并在一起，不考虑去...