TranscriptomicsDESeq2差异基因分析和批次效应移除 基因表达标准化 不同样品的测序量会有差异,最简单的标准化方式是计算 counts per million (CPM),即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000。 这种计算方... 11月03日12,856评论DESeq2 批次效应 阅读全文
Bioinformatics批次效应(batch effect) 一、定义 下面是大佬给出来的关于批次效应(batch effect)的定义: Batch effects are sub-groups of measurements that have qualit... 01月14日8,569评论批次效应 阅读全文
Transcriptomics矫正批次效应 批次效应(batch effect)简单说来就是因为实验做了几个批次导致的实验误差,比如芯片数据,每次都要用机器读取,那么光照时间和强度每次都可能不一样, 极有可能出现批次效应。 再比如,实验的三个重... 01月13日10,5592RNA-seq 批次效应 阅读全文
Bioinformatics如何处理批次效应(batch effect) 在生信分析过程中,尤其是转录组分析中,经常会遇到测得数据不足,需要利用公共数据库中已有的数据,那么能将这些数据直接和测序的数据混合吗?如果贸然混合,会有什么问题? 10年nature有一篇综述,专门讲... 01月03日22,8552batch effect 批次效应 阅读全文
Single Cell单细胞转录组数据校正批次效应实战(上) 什么是批次效应? 大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞,这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致,另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上 具体可以看这篇文章:https://www.natu... 11月07日2,881评论单细胞 批次效应 阅读全文
Single Cell单细胞转录组分析:多样本合并与批次校正 前言 实际的科研项目中不可能只有一个样本,多样本的单细胞数据如何合并在一起,是否需要校正批次效应呢?先上一张图说明多样本scRNA数据的批次效应: 左边的图简单地把多个单细胞的数据合并在一起,不考虑去... 03月06日981评论单细胞测序 批次效应 阅读全文