数据聚类然后展示聚类热图是生物信息中组学数据分析的常用方法，在R语言中有很多函数可以实现，譬如heatmap,kmeans等，除此外还有一个用得比较多的就是heatmap.2。最近在网上看到一个笔记文...
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利用ggpubr包进行R语言可视化
Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的人...
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plotnine: python数据可视化版ggplot2
Python是一种面向对象的解释型计算机程序设计语言。Python具有丰富和强大的库。它常被昵称为胶水语言，能够把用其他语言制作的各种模块（尤其是C/C++）很轻松地联结在一起。Python语言也有一...
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利用ggseqlogo绘制seqlogo图
简介 sequence logo图用来可视化一段序列某个位点的保守性，据根提供的序列组展示位点信息。这方面有很多在线小工具可以完成，这里使用R包ggseqlogo进行可视化。 安装 安装方式有两种 #...
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使用ggplot2绘制条形图
数据分析报告中经常会看见各种各样的条形图，如简单条形图、水平交错条形图、堆叠条形图、堆叠百分比条形图等，本文从R语言的角度，教大家绘制各式各样的条形图。 绘制离散单变量的条形图 从数据形式来看：有汇总...
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R语言聚类分析–cluster, factoextra
对于有很多(成百上千)研究对象时，把对象分组是最常用的研究手段。而通过观察值进行聚类是非常有效的方法，可以按事物观察值有效的合理分组，再进一步分析各组的相同、与不同，可以很好的发现其中的规律。 本文将...
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R语言添加p-value和显著性标记
提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。利用数据集ToothGrowth进行演示 #先加载包 library(ggpubr) #加载数据集Too...
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R语言学习 – 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）
箱线图 箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布，又很漂亮的展示图。在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具。就这样都...
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R语言学习 – 基础概念和矩阵操作
R基本语法 获取帮助文档，查看命令或函数的使用方法、事例或适用范围 >>> ?command >>> ??command #深度搜索或模糊搜索此命令 >>...
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t-SNE聚类算法实践指南
大数据文摘作品 编译：寒小阳、蒋宝尚、Sheila、赖小娟、钱天培 假设你有一个包含数百个特征（变量）的数据集，却对数据所属的领域几乎没有什么了解。 你需要去识别数据中的隐藏模式，探索和分析数据集。不...