学术论文和杂志中最常见的是用“字母”和“星号”标记差异显著性，在之前的文章《显著性分析后如何标记“abc”？》已经介绍过如何用SPSS比较均值的结果进行“纯手动”添加字母显著性标记。嗯，方法似乎非常“...
R语言标记显著性标记
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如何同时在一页绘制多个图表
有的时候我们需要绘制许多图表类型相似的图表，比如挑选多个基因做qPCR验证转录组数据，有时也需要绘制横轴一致的图表进行相互比较。对于下图这类堆叠图表，如果一个一个画，把做标轴的scale设成一样的，然...
一维数组的 K-Means 聚类算法理解
刚看了这个算法，理解如下，放在这里，备忘，如有错误的地方，请指出，谢谢 需要做聚类的数组我们称之为【源数组】 需要一个分组个数K变量来标记需要分多少个组，这个数组我们称之为【聚类中心数组】及 一个缓存...
利用R语言heatmap.2函数进行聚类并画热图
数据聚类然后展示聚类热图是生物信息中组学数据分析的常用方法，在R语言中有很多函数可以实现，譬如heatmap,kmeans等，除此外还有一个用得比较多的就是heatmap.2。最近在网上看到一个笔记文...
利用ggpubr包进行R语言可视化
Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的人...
plotnine: python数据可视化版ggplot2
Python是一种面向对象的解释型计算机程序设计语言。Python具有丰富和强大的库。它常被昵称为胶水语言，能够把用其他语言制作的各种模块（尤其是C/C++）很轻松地联结在一起。Python语言也有一...
从pheatmap无缝迁移至ComplexHeatmap
pheatmap是一个非常受欢迎的绘制热图的R包。ComplexHeatmap包即是受之启发而来。你可以发现Heatmap()函数中很多参数都与pheatmap()相同。在pheatmap的时代（请允...
利用ggseqlogo绘制seqlogo图
简介 sequence logo图用来可视化一段序列某个位点的保守性，据根提供的序列组展示位点信息。这方面有很多在线小工具可以完成，这里使用R包ggseqlogo进行可视化。 安装 安装方式有两种 #...
使用ggplot2绘制条形图
数据分析报告中经常会看见各种各样的条形图，如简单条形图、水平交错条形图、堆叠条形图、堆叠百分比条形图等，本文从R语言的角度，教大家绘制各式各样的条形图。 绘制离散单变量的条形图 从数据形式来看：有汇总...
R语言聚类分析–cluster, factoextra
对于有很多(成百上千)研究对象时，把对象分组是最常用的研究手段。而通过观察值进行聚类是非常有效的方法，可以按事物观察值有效的合理分组，再进一步分析各组的相同、与不同，可以很好的发现其中的规律。 本文将...