大数据文摘作品 编译：寒小阳、蒋宝尚、Sheila、赖小娟、钱天培 假设你有一个包含数百个特征（变量）的数据集，却对数据所属的领域几乎没有什么了解。 你需要去识别数据中的隐藏模式，探索和分析数据集。不...
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R语言学习 – 热图绘制 (heatmap)
热图绘制 热图是做分析时常用的展示方式，简单、直观、清晰。可以用来显示基因在不同样品中表达的高低、表观修饰水平的高低等。任何一个数值矩阵都可以通过合适的方式用热图展示。 本篇使用R的ggplot2包实...
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R语言学习 – 入门环境Rstudio
R语言是比较常用的统计分析和绘图语言，拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor库，是学习生物信息分析的必备语言之一。 Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一，支持纯R...
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CIRCOS增加热图、点图、线图和区块属性
CIRCOS图在有了染色体信息界定绘图区域后，就可以向里面添加离散数据如标记特定的区域或连续数据如展示修饰的丰度等。 经过前面部分对CIRCOS基本安装，最简单绘图和调整各部分属性的熟悉后，这些基本配...
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CIRCOS圈图绘制 – 染色体信息展示和调整
CIRCOS圈图绘制 - 最简单绘图和解释介绍了CIRCOS的安装、基本的配置文件的解释、如何最简单的获得一个CIRCOS图。最主要的部分还是配置文件的位置信息和各个参数的含义解释。 本篇则处理染色体...
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CIRCOS圈图绘制 – 最简单绘图和解释
Circos是绘制圈图的神器，在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。 Circos可以在线使用，在线使用时是把表格转为圈图，不过只允许最大75行和75列...
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HDF5 使用介绍
1、HDF5介绍 HDF 是用于存储和分发科学数据的一种自我描述、多对象文件格式。HDF 是由美国国家超级计算应用中心（NCSA）创建的，以满足不同群体的科学家在不同工程项目领域之需要。HDF 可以表...
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使用Python绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图
【前言】其实这篇文章是为了简单介绍一下geneview的用法，它是一个Python高级库，建立在matplotlib的基础之上，专门用于基因组数据的可视化，目的是为了使创建高大上（精致）的基因组数据图...
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杂志图表的经典用色
《经济学人》常用的藏青色 经济学人上的图表，基本只用这一个颜色，或加上一些深浅明暗变化，再就是左上角的小红块，成为经济学人图表的招牌样式。罗兰贝格也非常爱用这个色，有时也配合橙色使用。各类提供专业服务...
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R绘图基础（10）热图 heatmap
我们在分析了差异表达数据之后，经常要生成一种直观图－－热图(heatmap)。这一节就以基因芯片数据为例，示例生成高品质的热图。 比如 钢蓝渐白配色的热图 首先还是从最简单的heatmap开始。 &g...