ScriptR语言标记显著性标记 学术论文和杂志中最常见的是用“字母”和“星号”标记差异显著性,在之前的文章《显著性分析后如何标记“abc”?》已经介绍过如何用SPSS比较均值的结果进行“纯手动”添加字母显著性标记。嗯,方法似乎非常“... 11月10日13,431评论R 显著性分析 阅读全文
Script如何同时在一页绘制多个图表 有的时候我们需要绘制许多图表类型相似的图表,比如挑选多个基因做qPCR验证转录组数据,有时也需要绘制横轴一致的图表进行相互比较。对于下图这类堆叠图表,如果一个一个画,把做标轴的scale设成一样的,然... 11月09日2,435评论画图 阅读全文
Script一维数组的 K-Means 聚类算法理解 刚看了这个算法,理解如下,放在这里,备忘,如有错误的地方,请指出,谢谢 需要做聚类的数组我们称之为【源数组】 需要一个分组个数K变量来标记需要分多少个组,这个数组我们称之为【聚类中心数组】及 一个缓存... 11月08日3,185评论K-Means 聚类 阅读全文
Script利用R语言heatmap.2函数进行聚类并画热图 数据聚类然后展示聚类热图是生物信息中组学数据分析的常用方法,在R语言中有很多函数可以实现,譬如heatmap,kmeans等,除此外还有一个用得比较多的就是heatmap.2。最近在网上看到一个笔记文... 08月27日44,7652heatmap 聚类 阅读全文
Script利用ggpubr包进行R语言可视化 Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化,但是如果要通过ggplot2定制一套图形,尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形,对于那些没有深入了解ggplot2的人... 08月12日4,475评论ggplot2 ggpubr 阅读全文
Scriptplotnine: python数据可视化版ggplot2 Python是一种面向对象的解释型计算机程序设计语言。Python具有丰富和强大的库。它常被昵称为胶水语言,能够把用其他语言制作的各种模块(尤其是C/C++)很轻松地联结在一起。Python语言也有一... 06月27日4,039评论plotnine python 阅读全文
Script从pheatmap无缝迁移至ComplexHeatmap pheatmap是一个非常受欢迎的绘制热图的R包。ComplexHeatmap包即是受之启发而来。你可以发现Heatmap()函数中很多参数都与pheatmap()相同。在pheatmap的时代(请允... 05月30日1,562评论ComplexHeatmap pheatmap 阅读全文
Script利用ggseqlogo绘制seqlogo图 简介 sequence logo图用来可视化一段序列某个位点的保守性,据根提供的序列组展示位点信息。这方面有很多在线小工具可以完成,这里使用R包ggseqlogo进行可视化。 安装 安装方式有两种 #... 05月23日5,328评论ggseqlogo seqlogo 阅读全文
Script使用ggplot2绘制条形图 数据分析报告中经常会看见各种各样的条形图,如简单条形图、水平交错条形图、堆叠条形图、堆叠百分比条形图等,本文从R语言的角度,教大家绘制各式各样的条形图。 绘制离散单变量的条形图 从数据形式来看:有汇总... 04月06日2,473评论 阅读全文
ScriptR语言聚类分析–cluster, factoextra 对于有很多(成百上千)研究对象时,把对象分组是最常用的研究手段。而通过观察值进行聚类是非常有效的方法,可以按事物观察值有效的合理分组,再进一步分析各组的相同、与不同,可以很好的发现其中的规律。 本文将... 03月10日7,420评论Cluster 聚类 阅读全文