宏基因组binning-CONCOCT Genomics

宏基因组binning-CONCOCT

Binning分析指把宏基因组中不同个体微生物序列分开,使得同一类序列聚集在一起的过程,其中常见的是同种菌株的序列聚类在一起。进行binning分析可以宏基因组数据中复杂的功能信息定位到菌株水平,方便...
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使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv Genomics

使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv

cnvkit被设计来处理同一个批次的多个肿瘤配对样本测序情况,首先对所有的normal数据进行bin处理拿到背景值,然后就这个背景值来处理所有的tumor测序数据计算拷贝数变异情况。 该软件使用比较复...
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Hi-C文库相关性分析 Genomics

Hi-C文库相关性分析

Hi-C分析需要的测序量比较高,1个样本往往需要测序很多的数据量,1个Hi-C文库可测序的数据量有限(一般情况下100-300G PE150,超出这个量,多测的数据可能含有较高的PCR dup),所以...
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