Binning分析指把宏基因组中不同个体微生物序列分开，使得同一类序列聚集在一起的过程，其中常见的是同种菌株的序列聚类在一起。进行binning分析可以宏基因组数据中复杂的功能信息定位到菌株水平，方便...

cnvkit被设计来处理同一个批次的多个肿瘤配对样本测序情况，首先对所有的normal数据进行bin处理拿到背景值，然后就这个背景值来处理所有的tumor测序数据计算拷贝数变异情况。 该软件使用比较复...

NextDenovo是武汉未来组胡江博士团队开发的一个三代组装工具，能够用于PacBio和Nanopore数据的组装。但是从官方的介绍而言，此工具在组装Nanopore上优势更大一些。 NextDen...

写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.TAD 2.TAD分析流程 2.1 Cworld-dekker软件的安装 git clone https:...

写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Compartment计算 2.Compartment 分析流程 2.1 Cworld-dekker软件的...

1.Hi-C原理简介 1.1 Hi-C技术高通量染色体构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture)研究全基因组三维构象及分析染色质片段...

写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Hi-C 辅助组装（PGA）技术原理 染色质在细胞核内分布的并不是随机分布的，而是不同染色体占据不同的空间...

写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.基因组空间三维结构与功能 染色质空间三维结构 染色体结构 DNA以一长串复杂的线圈形式堆积成染色体。DNA...

Hi-C分析需要的测序量比较高，1个样本往往需要测序很多的数据量，1个Hi-C文库可测序的数据量有限（一般情况下100-300G PE150，超出这个量，多测的数据可能含有较高的PCR dup），所以...

1.背景 GWAS研究产生了大量的SNP，大部分在非编码基因组 这些SNP其实是Lead/Tag SNP，所以需要同时关注与这些SNP处于高LD（linkage disequilibrium）的其它S...