The files most people are after when they do an assembly must be these: the actual contig and scaffo...

The single file I’ll discuss today has in fact almost the entire assembly in it, besides the actual ...

I thought to start by explaining briefly how newbler works. I’ll do this by following the output new...

有时候会遇到使用者询问，为什么做不同长度的mate-pair呢? 这是因为contig间的距离不同，为了将这些不同距离的contig 组装起来，得到更完整的组装信息，所以才需要使用不同长度的mate-...

当我们在进行 de novo 测序时，一般而言，测序深度越深 (测序量越多)组装效果会越好，就如同统计学中所述，抽样的样本数越多，其分布会越接近母体之分布。 不过，是不是只要一直增加测序量就能完整组出...

GC rich的区域不易测序的原因，主要发生于以下两个阶段: 1. PCR 阶段 由于GC rich的区域，其氢键数较多，稳定性较强，因此在PCR时，GC rich的区域较不易分开，因此不容易被扩增。...

1、简介 大家在科研和工作过程中，经常会接触到n50，n90，这些概念。比如从头组装一个基因组，n50应该达到多少，才算合适呢。当然现在情况下，接触牛叉的测序新技术，是越长越好， 但是对于那些不好组装...

SNP 是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性，在群体中的发生频率不小于1 %。包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等。所谓转换是指同型碱基之间的转换，如嘌呤与嘌呤( G2A) ...

摘要：  重亚硫酸盐DNA转化是甲基化研究中最常用的技术，因为它相对较简单，而其他方法都很繁琐，需要大量的优化工作。重亚硫酸盐转化方法将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，从而精确...

目前用于二代测序Reads中错误校正的工具比较多，如SOAP的correction、Quake等，目前quake效果比较不错。下面给大家简单介绍quake软件的安装方法 安装 Quake在使用中需要一...