Genomics

SOAPdenovo的一个组装过程

我们都知道,测序本身并不难,难就难在基因组的后续组装拼接,因为它涉及到大量需要考虑的问题,如重复、到位、覆盖率等等,于是如何有效的得到最后的序列或者有意义的Scaffold是做基因组面临的一个很大问题...
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Genomics

测序常见问题深度解析(三)碱基缺失

碱基缺失其实是双模板的一种特殊形态,指某一样品在某一碱基后包含两类片段,其中一条片段比另一条片段少(或多)几bp或几十bp,因此在峰图上表现为从某处开始为两个峰的叠加,碱基缺失多发生在PCR测序中,并...
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Genomics

测序常见问题深度解析(一)双克隆

测序过程中最常见的问题是双峰,导致整个结果不可用,有时候我们也纳闷,明明挑的是单克隆,为什么还会碰到双峰呢?其实导致双峰的原因是多种的,双克隆只是其中的一原因,而且不同的起因在峰图上表现出不同的特征,...
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Genomics

新算法对单细胞基因组进行测序

美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes,能够被用...
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Genomics

基于NGS的miRNA测序以及接头序列介绍

一般成熟的miRNA长度在22nt左右,在过去miRNA主要是从已知的基因组序列中来预测,但是遗憾的是并不是所有的生物都有全基因组序列。现在随着新一代高通量测序技术的发展,即使没有全基因组序列我们也能...
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Genomics

宏基因组学中微生物种群结构分析

什么叫宏基因组学?先做一个概念的普及,下面是摘取自百度百科的几段介绍: 宏基因组学又叫微生物环境基因组学、元基因组学,Metagenomics 宏基因组学通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构...
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