利用k-mer组装的基因组的软件现在已经很多了，例如soapdenovo，velvet等等。PLoB上已经有不少关于velvet的软件的介绍，今天再次谈谈velvet这个软件，主要是推荐一些velve...
单分子测序PacBio RS测序系统介绍
PacBio RS测序系统的feature 关于读长 如果把拼接工作看作是在做拼图游戏。NGS获得的读长都很短，就好象把一幅图打成非常小的碎片，然后做拼图。由于碎片太小，因此许多碎片看起来都差不多，这...
三种台式高通量测序仪的比较分析
测序技术的快速发展，使小型化/台式高通量测序仪成为现实，这意味着大规模基因组测序将不再是大型实验室或科研中心的专利，中小型实验室、公司、临床检验中心都将能够利用高通量测序技术快速高效的获取大量信息，进...
拉马克的逆袭：用进废退学说的在表观遗传学中兴起
拉马克是进化论的先驱，他于1809年发表的《动物哲学》一书中描述了长颈鹿的进化。他认为长颈鹿因为要伸长脖子才能吃到高处的绿叶，“结果……这种动物的前腿变得比后腿长，而它的脖子也变得特别长，以至于长颈鹿...
利用MISA鉴定简单重复序列(SSR)
在基因组中存在着大量的重复序列，根据其重复的程度可分为简单重复序列、中度重复序列和高度重复序列。简单重复序列(Simple Sequence Repeat，SSR)在真核生物基因组中广泛存在，一般是以...
ENCODE：DNA元件百科全书(附相关论文简介与下载)
DNA元件百科全书(Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE)项目旨在描述人类基因组中所编码的全部功能性序列元件。ENCODE计划于2003年9月正式启动，吸引了来自美...
BLASR：PacBio数据比对工具
Pacbio数据相信大家都不陌生了，reads很长，但是错误很多而且错误分布在整条reads上而不是局部。这里给大家推荐一个工具BLASR（Basic Local Alignment with Suc...
迄今最详细人类基因组分析数据出炉
一项大型国际计划显示，与青少年在学校掌握的知识相比，人类基因组—— 一个人的遗传信息总和——包含有更多的蛋白质编码基因。当研究人员决定在上世纪90年代晚期对人类基因组进行测序时，他们专注于寻找那些用来...
迄今最详细基因功能图谱内容
在2001年，人类基因组计划产生了近乎完整的人类DNA。但是，研究人员还希望了解这些GS，CS，和TS是如何利用，控制或组织，比它们少得多的编码区域，造就活生生的人。 今天（9月6日），一个聚集了42...
Nature等30篇文章公布重大成果：基因功能图谱
这估计是本世纪最重大的生物医学发现了。今天ENCODE疯狂的在nature等一次发了30篇文章。主题只有一个“垃圾DNA不是垃圾”。 ENCODE项目(ENCyclopedia Of DNA Elem...