phred/phrap/consed的安装

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所属分类:Genomics

获得软件:

Phrap/cross_match/swat: Phil Green, phg@u.washington.edu

Phred: Brent Ewing, bge@u.washington.edu

Consed: David Gordon, dgordon@u.washington.edu

根据你需要的软件分别给这个人写信。

信的内容:

一:遵守的协议内容,可以从官方网站上复制黏贴(http://www.phrap.org/consed/academic_agreement.txt)

二:

NAME:

ACKNOWLEDGEMENT: .

PROGRAMS:

INSTITUTION:

DEPARTMENT:

EMAIL:

comOS:linux(64 bit x86_64 )

IP address is

一般过个三五天会以邮件的形式发给你。

接下来就是安装:

1. gunzip phred-dist-020425.c-acd.tar.z

tar xvf phred-dist-020425.c-acd.tar

2. make.

cp phred /usr/local/bin

chmod 111 /usr/local/bin/phred

4. mkdir /usr/local/etc/PhredPar

cp phredpar.dat /usr/local/etc/PhredPar

export PHRED_PARAMETER_FILE=/usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat

5. make daev

cp daev /usr/local/bin

chmod 111 /usr/local/bin/daev

6. make clean

7. 修改phredpar.dat文件( 由于目前测序仪多采用3730等高通量测序仪,与phredpar.dat中的机型不同,

因此需要添加新机型)

vi /usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat

在其中添加"KB_3730_POP7_BDTv3.mob" terminator big-dye ABI_3700

先按Esc键,然后“Shift”+“: ”,最后按w键和q键

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