利用BioJava自定义的标记建立自定义的成分表

本例子讲述如何创建一个“二进制”的成分表,它包括两种标记:0或1。用户可以制定自己的标记和成分表,然后可以用来创建标记链,序列,分布等等。


import org.biojava.bio.symbol.*;

import org.biojava.bio.*;

import java.util.*;

public class Binary {

public static void main(String[] args) {

// 创建一个没有注释的标记“0”

Symbol zero = AlphabetManager.createSymbol("zero", Annotation.EMPTY_ANNOTATION);

// 创建一个没有注释的标记“1”

Symbol one = AlphabetManager.createSymbol("one", Annotation.EMPTY_ANNOTATION);

// 创建一个集合来存储标记

Set symbols = new HashSet();

symbols.add(zero);

symbols.add(one);

// 创建“二进制”成分表

FiniteAlphabet binary = new SimpleAlphabet(symbols,"Binary");

// 遍历所有标记,验证没有问题

for (Iterater i = binary.iterator();i.hasNext();) {

Symbol sym = (Symbol)i.next();

System.out.println(sym.getName());

}

// 通常使用成分表管理器(AlphabetManager)注册新创建的成分表

AlphabetManager.registerAlphabet(binary.getName(),binary);

// 新创建的成分表使用“Binary”作为名字,这样你可以象先前那样规范的通过名字来创建一个成分表实例

Alphabet alpha = AlphabetManager.alphabetForName("binary");

// 检查规范性

System.out.println(alpha == binary);

}

}

 

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