如何利用BioJava根据类型来筛选特征

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所属分类:Script

如果你解析一个详细的GenBank文件,你将会面对包含不同类型的多个特征的序列。也许你仅仅对其中一些类型的特征感兴趣,比如说"CDS"。

你应该使用特征过滤器(FeatureFilter)来过滤这些特征,特征过滤器能产生一个特征拥有者(FeatureHolder)对象来存储你感兴趣的特征。

下面的例子展示了如何用类型来筛选特征。

import java.util.*;
import org.biojava.bio.seq.*;

public class FilterByType {
public static void main(String[] args){
Sequence seq = null;
//
// 在这里编写初始化序列的代码,你可以读取象GenBank或者相似的文件生成带有多个不同特征的序列。
//

// 创建一个依据"CDS"类型的过滤器
FeatureFilter ff = new FeatureFilter.ByType("CDS");

// 获得筛选的特征
FeatureHolder fh = seq.filter(ff)

// 遍历特征拥有者(fh)所有的特征
for (Iterator i = fh.features(); i.hasNext(); ){
Feature f = (Feature)i.next();
}
}
}

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