利用BioJava得到一条序列或标志链的互补链

使用DNATools.reverseComplement(SymbolList sl)方法能够很容易的获得序列或标志链的互补链。在RNATools中有相对应的方法用来获得RNA的互补链。

import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;

public class ReverseComplement{
public static void main(String[] args){
try{
// 创建一条DNA标志链
SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgcacgggaactaa");

// 获得互补链
symL = DNATools.reverseComplement(symL);

// 证明他的效果
System.out.println(symL.seqString());

}
catch(IllegalSymbolException ex){
// 如果标志不合法报错
ex.printStackTrace();
}
catch{IllegalAlphabetException ex){
// 如果字母表不是DNA报错
ex.printStackTrace();
}
}
}
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