利用BioJava定制一个点位置(PointLocaiton)

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所属分类:Script

在Biojava中,序列中的位置是用一个实现了位置(Location)接口的简单对象代表的。

一个点位置是序列或者标志链(SymbolList)中单个标志(Symbol)的位置.点位置有公共的构造器可以很容易实例化。下面的程序展示了点位置的创建,定义了标志链中的单个标志。

注意Biojava使用的是生物学坐标,第一个位置是1而不是0。


import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;

public class SpecifyPoint {
public static void main(String[] args){
try{
// 创建第三个碱基为一个点位置
PointLocation point = new PointLocation(3);

// 打印位置
System.out.println("Location: "+point.toString());

// 创建一个标志链
SymbolList sl = RNATools.createRNA("gcagcuaggcggaaggagc");
System.out.println("SymbolList: "+sl.seqString());

// 取得由位置定义的标志链(注意这里定义的是一个点位置,所以返回的是一个只有一个碱基的标志链)
SymbolList sym = point.symbols(sl);
System.out.println("Symbol specified by Location: "+sym.seqString());
}
catch(IllegalSymbolException ex){
// 使用了不合法的标志
ex.printStackTrace();
}
}
}

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