BioJava中如何将一条序列以Fasta格式输出

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Fasta格式是一种相当标准的符合生物信息学的输出,很容易读取。Biojava中有一个SeqIOTools的类提供很多方便的静态方法,能够完成很多通用的符合生物信息学的输入输出任务。下面的例子展示如何将一条序列甚至整个SequenceDB以Fasta格式输出到一个输出流如System.out中。SeqIOTools中所有WriteXX()方法都一个输出流作为参数。用这样的方法,你将可以利用管道方式把新格式化的序列写到文件中或传递到另外一个方法中或者是标准输出,错误输出等等。

SeqIOTools 在org.biojava.bio.seq.io包中。

打印一个SequenceDB

// 创建一个SequenceDB接口实例
SequenceDB db = new HashSequenceDB();
// 将序列添加到序列库中
db.addSequence(seq1);
db.addSequence(seq2);
// 以Fasta格式打印序列库
SeqIOTools.writeFasta(System.out, db);

从SequenceIterator中打印

SeqIOTools中的很多ReadXXX()方法读取了一个文件中的所有序列后返回一个SequenceIterator能够遍历所有序列。SeqIOTools中大多数WriteXXX()方法都有一个以SequenceIterator为参数的版本。

SequenceIterator iter = (SequenceIterator)SeqIOTools.fileToBiojava(fileType, br);
// 以Fasta格式输出 (也可以写到出输出流中)
SeqIOTools.writeFasta(System.out,iter);

打印单个序列

SeqIOTools.writeFasta(System.out,seq1);

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