利用BioJava建立杂交产物成分表

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杂交产物成分表(cross product alphabet)由多个其他成分表生成。目的是将两个或者多个标记包装成单个的“杂交产物”标记。例如,使用三个DNA成分表杂交可以将密码子(三联密码子)包装成一个标记。这样,你可以使用这个密码子标记进行统计计数或者在一种分布中使用这个密码子标记。

杂交产物成分表可以通过名字创建(如果组成成分表在成分表管理器中注册了的话),也可以创建一个组成成分表的列表,然后从这个列表中创建杂交产物成分表。这两种方法在下面的例子中都有使用。


import java.util.*;

import org.biojava.bio.seq.*;

import org.biojava.bio.symbol.*;

public class CrossProduct {

public static void main(String[] args) {

// 从一个列表中创建杂交产物成分表

List l = Collections.nCopies(3, DNATools.getDNA());

Alphabet codon = AlphabetManager.getCrossProductAlphabet(l);

// 用名字得到同样的杂交产物成分表

Alphabet codon2 = AlphabetManager.generateCrossProductAlphabetFromName("(DNA x DNA x DNA)");

// 验证这两个杂交产物成分表一致

System.out.println(codon==codon2);

}

}

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