快速计算fasta序列长度的方法 Bioinformatics

快速计算fasta序列长度的方法

最近看了一下进入PLoB的网页来路分析,看到有同学搜索计算fasta序列长度。其实自己在之前的数据分析中也遇到过相关的问题,这里给大家分享两种我常用的方法。 方法一:linux下用awk计算fasta...
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Phd2Fasta Bioinformatics

Phd2Fasta

简介 Phd2fasta 是 phred\phrap 软件包的一部分,phred\phrap 软件包由华盛顿大学分子生物技 术学院的 Phil Green 和 Brent Ewing 开发,主要用于学...
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FASTX-Toolkit Bioinformatics

FASTX-Toolkit

FASTX-Toolkit是一款用于处理Short-Reads FASTA/FASTQ文件的程序,里面包含了丰富的FASTA/FASTQ文件格式转换、统计等命令。 下面是其功能介绍:  FASTQ-t...
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Fasta格式说明 Glossary

Fasta格式说明

序列的Fasta格式是最经常看到的格式之一。下面简介说明一下什么是FASTA格式。 Fasta格式开始于一个标识符:">",然后是一行描述,下面是一行行的序列。每一行最好不要超过80个字母。 如...
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fastaq2fasta Script

fastaq2fasta

之前在本博客上发表一篇利用sed 将fastq转换成fasta的文章,这种方法利用linux系统自带的程序sed进行处理,速度很快,但是后来发现当fastq中某一reads的质量值以‘@’开头的话就会...
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BioJava中如何处理环状位置 Script

BioJava中如何处理环状位置

很多DNA分子,比如说质粒和细菌染色体是环状的。这样环状的分子上的位置就相对的模糊(比如说原点的定义不同,位置也不同)。在Biojava中真正的环状标志链并不存在。标志实际上是以数组或指针存储的。环状...
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