之前在本博客上发表一篇利用sed 将fastq转换成fasta的文章，这种方法利用linux系统自带的程序sed进行处理，速度很快，但是后来发现当fastq中某一reads的质量值以‘@’开头的话就会...

很多DNA分子,比如说质粒和细菌染色体是环状的。这样环状的分子上的位置就相对的模糊（比如说原点的定义不同，位置也不同）。在Biojava中真正的环状标志链并不存在。标志实际上是以数组或指针存储的。环状...

一个重要并且常用的I/O任务是将序列从文本文件读到内存中。SeqIOTools提供很多静态方法能够将文件读到Biojava中。 解决方案有很多。方案一更特别，方案二更通用。 方案一 [code lan...

前面介绍了《如何利用BioJava设置一个BLAST解析器解析BLAST结果》，解析FASTA结果和解析Blast结果非常相似。 仅仅将解析Blast结果的程序中的： [code lang="java...

Fasta格式是一种相当标准的符合生物信息学的输出，很容易读取。Biojava中有一个SeqIOTools的类提供很多方便的静态方法，能够完成很多通用的符合生物信息学的输入输出任务。下面的例子展示如何...

SeqIOTools类包含了读取GenBank,SwissProt,EMBL文件的方法。因为文件中包含了不止一条序列，所以SeqIOTools返回一个序列遍历器（SequenceIterator)能够...

为完成这个任务,我们将继承先前例子中的通用读取器,包括将序列以FASTA格式输出的能力.这里提供两个程序,一个适用于Biojava1.3pre,一个适用于Biojava1.3. 使用Biojava1....

Some time when you want to change the fasta seq into one line, just as following. Then it will help ...