Phd2Fasta

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所属分类:Bioinformatics

简介

Phd2fasta 是 phred\phrap 软件包的一部分,phred\phrap 软件包由华盛顿大学分子生物技 术学院的 Phil Green 和 Brent Ewing 开发,主要用于学术科研活动。Phd2fasta 将 phred 产生 的 phd 文件转换为 fasta 格式的核酸和质量文件,便于 crossmatch 和 phrap 程序应用。

下载

该软件包 可以从 phrap 的的网站申请,申请通过后邮件发送,申请链接 :

http://www.phrap.org/consed/consed.html#howToGet

安装

1、上传 phd2fasta 的压缩包到本地 linux/unix 运算服务器;

2、解压缩:

gzip –d phd2fasta-acd-dist.tar.gz tar –xvf phd2fasta-acd-dist.tar

3、编译源程序:

在命令行键入 make,编译完成后,可将执行文件 phd2fasta 拷到统一的可执行程序目录, 如:/usr/local/genome/bin 下面,源文件包可删除。

编译成功无提示信息。

使用

程序运行命令行:

phd2fasta –id phd_dir –os out.fas –oq

直接键入 phd2fasta 的屏幕提示:

no input files specified no output file specified

使用帮助可通过命令 phd2fasta -h 获取:

Phd2Fasta

输入

此程序的输入文件为 Phred 产生的 phd 文件:

Phd2Fasta

输出

此程序运行无屏幕输出,结果为 fasta 格式的序列和质量文件。

序列文件:

Phd2Fasta

质量文件:

Phd2Fasta

参数

详细的参数说明可以通过键入phd2fasta –doc查看:

Input Options
-------------
-id <directory name> 读取目录中的的文件做为输入文件
-if <file name> 读取文件列表中的文件做为输入文件
-is 读取标准输入做为输入文件
-ix <file name> 读取不需运行的文件列表
Output Options
--------------
-os <file name> 输出 FASTA 序列到文件.
-oq <file name> 输出 FASTA 序列的质量到文件
-ob <file name> 输出序列碱基位置信息到文件
-oe <file name> 将 phd 文件中的编辑信息提取到文件中
-of <file name> phd2fasta 处理失败的文件写入日志文件
Processing Options
------------------
-mask <type> 用 x 屏蔽序列中的载体
-halt 如有错误则停止继续运行程序
Misc
-verbose 显示进程信息
-V 显示 phd2fasta 版本
-h, -help 显示命令行参数列表
-doc 显示详细的帮助文档

 

 

 

 

 

 

 

 

 

ybzhao

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