载体屏蔽Crossmatch

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所属分类:Bioinformatics

简介

Phil Green 和 Brent Ewing 开发的 phrap 软件包的一部分,用于比对两套 DNA 序列,如:可 以用来找出序列中的载体序列,并产生屏蔽了载体的序列;也可以用于 cDNA 和 cosmid 的比对等。 和 blastn 相比速度较慢但敏感度较高(因其允许 gap 存在)

下载

包含在 Phrap 软件包中,Mail to phg@u.washington.edu

安装

1、上传 phrap 的压缩包到本地 linux/unix 运算服务器;

2、解压缩:

gzip –d phrap.tar.gz tar –xvf phrap.tar

3、编译源程序:

在命令行键入 make,如果数据集多于 64,000 条序列,或者序列中含有长于 64,000 bp 的序列, 则需要使用 cross_match.manyreads或cross_match.longreads,这两个程序编译命令为 make manyreads。

使用

命令行:

cross_match seq_file1 seq_file2 -minmatch 10 -minscore 20 -screen > screen.out

输入

标准 FASTA 格式的序列文件

参数

option name & default value

1.  比对分值控制参数

比对分值控制参数

2. Banded search

Banded search

3.  比对筛选

比对筛选

4.  输入相关参数

-default_qual 15        当没有质量文件存在时,设定的每个碱基的质量值,默认为 15

5.  输出相关参数

输出相关参数

6.  其他

-indexwordsize 10       用于索引的字符数,此参数影响运行时间和内存使用

输出

1.  *.log files,程序运行日志

2.  *.screen 文件,被屏蔽了相应序列后的序列文件,FASTA 格式。(此文件仅当使用-screen 参 数时输出)。

3.  标准屏幕输出,可重定向到文件,如>screen.out,然后输入more screen.out 查看

4. matching entries (first file).

Query 序列(第一个输入文件)和 subject 序列(第二个输入文件)比对的情况,如果只有一个输入文件,则是这个文件中任意两个序列的比对情况。比对情况通过命令行的-minscore 和–masklevel 参数控制,  另外也受比对分值和 band search 的参数控制。报告按 query 序列顺序 输出,例如:

440 2.38 1.39 0.79 hh44a1.s1 33 536 (0) C00311 (3084) 8277 7771 *

对各列阐述如下:

440 = smith-waterman 比对分值

2.38 = 比对部分的替换百分比

1.39 = 比对部分的删除百分比

0.79 = 比对部分的插入百分比

hh44a1.s1 = 第一个输入序列的名称

33 = 第一个输入序列比对起始位点

536 = 第一个输入序列比对终止位点

(0) = no. of bases in 1st sequence past the ending position of match

(so 0 means that the match extended all the way to the end of the 1st sequence)

C 00311: 和输入序列 00311 的互补链比对上

(3084): 第二个输入序列(互补链)比对开始前共有 3084 个碱基

8277= 第一个输入序列比对起始位点

7771 =第一个输入序列比对起始位点

* indicates that there is a higher-scoring match whose domain partly includes the domain of this match.

Qual algn cum rcum (%) unalgn X N sub del ins total (%) cum rcum (%)
56 1315 1315 1920 -100 0 0 0 1 0 0 1 0.08 1 4 0.21

Qual 质量值

Algn 第一个输入序列这个质量值的碱基数

Cum 在 SWAT 比对中比上的碱基数

Rcum 累计比对上的碱基数(包含这个质量即更高的质量)

Unalgn 没有被包含进来的比对部分碱基数

每种类型的不一致的数目(sub 替换、del 删除、ins 插入)

cum(%)差异的总数和百分比

rcum(%)累计差异数和百分比

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